• Forum - Consensus, Fixation, Protéine

[Biologie Moléculaire] Technique SELEX aidez moi!

Ce que l'on élue est donc les fragments d'ADN qui étaient restés fixés sur la protéine. Afin d'éliminer les séquences aspécifique on va procéder par plusieurs réitération du processus. (PCR, fixation, élution). Ceci va avoir pour conséquence que les fragments ayant la plus forte affinité pour la protéine se fixeront les mieux.  [...] A la fin vous allez récupérer des fragments que vous souhaitez identifier. Ce que vous savez à priori c'est qu'ils vont tous être similaires à priori avec de petites variations. Ce que vous souhaitez c'est établir une séquence consensus de fixation de votre protéine.  [...]

structure prédictive de protéine et interaction ... tout un programme!!!

Déjà, est-ce que la séquence consensus d'arrimage de la kinase sur ses substrats est connue Est-ce que sa séquence consensus de phosphorylation est connue Ces séquences sont-elles présentes sur la protéine qui interagit avec la kinase.  [...] Tu n'as pas répondu à mes questions. séquences consensus d'arrimage et de phopshorylation de la kinase (pas besoin de la cristalliser pour les connaitre, des publications ont dû les identifier si ta kinase est assez connue). Une fois que tu as ces séquences, recherche leur présence sur ta protéine en les dégénérant (puisque ce sont des séquences consensus).  [...]

[Biologie Cellulaire] mise en évidence d'une phosphorylation

Pour la mise en évidence d'une phosphorylation, dans le cas où le résultat va être publié, il vous faudra forcément un marquage métabolique, je ne pense pas qu'une revue accepte qu'il manque une expérience aussi démonstrative... Si vous avez une idée de la kinase phosphorylant votre protéine, vous pouvez définir le(s) site(s) phosphorylés sur la protéine grâce à des logiciels bioinformatiques et à la séquence consensus de phosphorylation de la kinase (si cette séquence a déjà été définie).  [...] immunoprécipitation anti-protéine d'intérêt, western blot anti-kinase. Pour approfondir la spécificité de phosphorylation de votre protéine, vous pouvez faire de la mutagenèse dirigée sur la séquence consensus (par sur la sérine ou thréonine potentiellement phosphorylée par contre), qui devrait empêcher sa reconnaissance par la kinase.  [...]

Code génétique

AUG code pour la méthionine mais est aussi un codon initiateur ça veut dire que dans le fragment d'ARN la notice de fabrication de la protéine commence a partir du premier AUG qui va initier la traduction.  [...] le promoteur =l'initiation de la séquence d'ADN. il est constitue de plusieurs séquence appelées consensus déterminent le brin transcirt sur la quelle se fixe l'ARN polymérase, dans cette région s'effectue également la régulation par fixation sur des séquence appelées operateur de protéines régulatrices favorisant ou empêchant la transcription.  [...]

[Microbiologie] Mise en évidence système SOS bactéries

Le système SOS fonctionne lorsque LexA, le répresseur des gènes impliqués, est détruit par fixation à la recombinase A et à l'ADN. Cela permet donc d'activer les gènes SOS et de former des protéines umuD (qui subit une maturation par recA) et umuC qui s'associent et permettent la réplication fautive (avec l'aide de recA).  [...] Sous l'effet d'un stress, l'accumulation des dommages à l'ADN génère des arrêts de réplications et entraîne la réponse SOS pendant laquelle recA forme des nucléofilaments avec l'ADN au niveau de régions simple brins d'ADN. la protéine LexA a plus d'affinité pour ces filaments que pour ces opérateurs ce qui lèvent la répression et induit l'expression des gènes.  [...]

[Biologie Cellulaire] Effet des éléments de réponse

Au delà de la multiplicité du signal d'activation, la présence de plusieurs facteurs de transcription sur un promoteur augmente aussi le nombre d'interactions protéiques et la formation de complexes transcriptionnels plus stables. Dans le cas que tu énonces des récepteurs nucléaires (RN), la particularité est que le RN lié à son élément de réponse sera soit activateur, soit inhibiteur de la transcription selon la nature du ligand fixé et/ou selon s'il est sous forme holo ou apo (non lié ou lié à un ligand).  [...] Je m'explique. la fixation de certains facteurs peut être une condition indispensable à l'expression d'un gène, mais pas forcément suffisante, dans ce cas c'est plus un effet permissif. Dans d'autres cas, la liaison de certains facteurs favorise ou empêche la fixation d'autres facteurs soit sur les mêmes sites (certains éléments consensus sont des sites de liaisons de nombreux facteurs), soit sur des sites voisins.  [...]

[Biologie Moléculaire] Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

Attentiion de bien discerner les données théoriques obtenues in silico par analyse de séquence et de sites consensus etc. avec les données réelles issues de l'étude de l'épissage des pré messagers.  [...] Sur le NCBI avec Entrez Gene, on accède à la fiche Genbank du gène. Il suffit de faire un clic droit sur la représentation du gène, au-dessus des représentations des ARNm. http.//www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157. Une fois sur la fiche Genbank, il faut faire un peu défiler la page pour tomber sur le paragraphe mRNA, où sont détaillées toutes les positions des jonctions exons-exons (on peut donc déduire la position des exons et des introns sur le gène).   [...]

[Biochimie] Interactions protéine-protéine

Si tu connais la topologie générale des protéines auxquelles ta protéine se fixe, tu peux en retirer la séquence primaire générale, conservée qui défini ce domaine. Il suffit de voir quels sont les séquences conservées, les séquences consensus qu'on retrouve dans plusieurs cas.  [...] Une fois cette séquence identifiée tu pourras effectuer un BLAST (une recherche dans les bases de données de ta séquence), tous les gènes contenant cette séquence t'apparaitrons. Ils auront donc une chance de s'associer à ta protéine. (ça peut ne pas être le cas, l'analyse informatique est une étude préalable).  [...]

[Biologie Moléculaire] Transcription de l'ARNm, ... MAR ?!

Pour le promoteur, c'est une région située juste en amont du premier nucléotide transcrit. Elle comporte des séquences consensus qui permettent la fixation et l'activation de l'ARNpol lors de la phase d'initiation. Il y a des différences entre eucaryotes et procaryotes dans cette étape d'initiation (TATA box chez les euK qui fixe le TBP du TFIID et PRIBNOX box chez les prok qui fixe le facteur sigma de l'ARNpol entre autres exemples) et le lieu de la transcription est le noyau uniquement pour les eucaryotes bien sûr.  [...] 2. à approcher certaines sequences de la matrice nucléaire, donc disons de donner une sorte d' architecture à la chromatine nucléaire. Hors certaines protéines, certains facteurs sont présents dans un compartiment du noyau et pas dans l'autre. d'ou une possibilité encore de réguler la transcription.  [...]

[Biologie Moléculaire] Résumer Génétique (absurde)

Si je dois faire un résumé. Que ce soit réplication ou transcription ou traduction il y a toujours un site ( séquence) de nucléotide dans l'ADN ou ARN qui joue le rôle de piste d'atterrissage si je puis dire. Je m'explique sur ce terme pour moi un promoteur au niveau de la transcription, un réplicon ou origine de réplication dans la réplication ou une séquence comme la séquence Shine Dalgarno dite site de fixation du Ribosome sont pour ceux qu'on appelle des piste d'atterrissage sans ces pistes l'ARN Polymérase ADN Dépendante MAIS également facteur de transcription dépendante ne peut pas ce fixé et initié la transcription d'un gène.  [...] Je ne suis pas non plus rentré dans les détails des sites de fixation des FT et FR. Et sinon une séquence discrète n'a rien à voir avec un intron, il s'agit d'une séquence qui n'est pas une séquence consensus (du moins pas détectée par les algorithmes d'alignement de séquence).  [...]