• Forum - Concentration, Quantité, ADN

[Biologie Moléculaire] Protocole digestion

Une question. quelle quantité d'ADN plasmidique devrais-je mettre Mon plasmide a une concentration de 150 ng/ul, j'ai fait mon calcul pour le nombre d'unités d'enzyme pour 1 ug d'ADN plasmidique. Est-ce une quantité cohérente (mon clonage ultérieur sera un peu ch****).  [...] Je me demandais si cette quantité de plasmide est donc suffisante pour ce que je veux faire (c'est la toute première fois que je fais un protocole de digestion ).  [...]

Estimation concentration gel agarose

Pour connaitre la concentration il faut utiliser un spectrophotomètre micro-volume (type Nanodrop), c'est la seule façon de réellement connaitre la quantité d'ADN présent.  [...] sans expérience il est aussi possible d'approximer en faisant une pseudo gamme a partir de concentrations d'ADN connues et comparer les tailles des bandes de quantité connus avec la taille de ta bande de quantité inconnue, mais c'est vraiment pas précis et pas pratique, en gros je pense que c'est la raison pour laquelle tu as mis plusieurs quantité de geneRuler, tu regarde a quelle taille  [...] tube du geneRuler ou sur la notice tu dois pouvoir trouver la quantité (soit la quantité par microlitres, soit la quantité totale et a ce moment tu divise par le volume du tube) puisque tu as la quantité d'ADN dans le tube de Ruler ( quantité par microlitre) et que tu sais le volume que tu as déposé (2, 4 ou 6 microlitres), tu connais la quantité d'ADN pour chaque epaisseur de bande de Ruler que tu as déposé et ensuite tu en déduis la quantité de ta bande inconnu par rapport a la taille de la bande de chaque ruler dont tu connais maintenant la quantité déposée en nanogramme et la taille de ta bande de concentration inconnue,  [...]

Besoin d'avis pour optimiser extraction d'ADN à partir de tissu FFPE en vue d'une CGH

Burcu Sengüven ont montré que les plus grandes concentrations d'ADN ont été obtenues lorsque le déparaffinage a été réalisé sur lames et bains de Xylène plutôt que dans des tubes (or, nous l'avons réalisée avec le kit de déparaffinage de QIemp, dans des tubes) et que plus le traitement à la protéinase K est long, meilleurs sont les résultats (ils obtiennent un bien meilleur ADN après avoir traité à la protéinase K pendant 72h, plutôt que pendant une nuit, or nous n'avons traité que 3h.  [...] ps. me confirmez vous que le Nanodrop me permet d'identifier la présence de contaminants et la concentration d'ADN, mais pas sa qualité Raison pour laquelle j'ai besoin du Qubit...en gros, il faudrait peut être que je réalise mon protocole à partir d'une plus grande quantité d'échantillon, afin d'obtenir plus d'ADN de bonne qualité, pour que le marquage en random-priming fonctionne.  [...]

[Biologie Moléculaire] Déterminer la masse d'ADN dans une bande après électrophorèse

On peut alors dire combien il y a d'ADN dans la bande du puits 1 ou 3 de même intensité, et sachant quel volume on a déposé dans le puits, on peut alors savoir quelle concentration on avait dans le tube, et donc la quantité d'ADN qu'on avait à la sortie de la PCR.  [...] Sur le principe je ne pense pas avoir compris de travers, c'est surtout sur la determination de la quantité d'ADN dans chaque bande du marqueur qu'il y a quelque chose qui m'échappe. J'essaie de faire logiquement mais à chaque méthode personnelle je trouve un truc différent au bout.  [...]

Optimisation d'extraction d'ADN

vous arrivez à extraire 10ng d'ADN c'est déjà pas tu faire des prc. mais si tu veux augmenter la concentration il faut centrifuger plusieurs fois afin d'accroître la quantité des cellules et par conséquent la quantité ADN à extraire.  [...] Donc ceci je connais pas ton kit mais par expérience j'ai remarqué que si tu double tout les temps (temps de centri, temps d'incubation) t'améliore le rendement de purif. Moi même je laisse au moins 10 min pour la première incubation ou l'ADN entre en contact avec la résine (si c'est un kit avec des petite colonne que tu utilise).  [...]

Cycle cellulaire et cytofluorimétrie

regardez la photo. http.//membres.lycos.fr/ikramer/images/1.6b.jpg correspond a la quantité d'ADN dans une cellule en fonction de chaque phase de l'interphase, je ne comprend pas pourquoi quand on passe de G1 à G2 il y a diminution de la quantité d'ADN alors que la quantité d'ADN a nécéssairement doublé lors de la phase S.  [...] par contre je comprend pas comment tu vois que le marquage est plus ou moins fort. j'arrive pas a voir la distinction entre G1, S et G2. et la concentration en marqueur marque la quantité en ADN c'est ca.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ADN génomique

Et mon grand problème est que j'arrive pas à digérer une grande quantité d'ADN(200 Ml dans un volume de 500 Ml)mais dans un petit volume(10Ml dans 15Ml)j'arrive à digérer mon ADN...(concentration d'ADN est 400 ng/Ml).  [...] en suivant ce protocole, j'arrive à avoir une concentration d'ADN de 400 ng/Ml mais toujurs j'arrive pas à le digérer(dans un grand volume).  [...]

[Biologie Moléculaire] Pcr quantitative eficacité de la pcr

Pour améliorer l'efficacité, il faut jouer sur la pureté et la quantité de tes ADN (car on amplifie des ADNc, pas les ARN en quantitatif), les temps et température des différentes étapes, la concentration en MgCl2 et en amorces.  [...] Si tu utilises la méthode du delta Ct. si les efficacités des PCR ne sont pas identiques (ou au moins relativement proches), les pentes des droites (que tu génères en quantification absolue) ne seront pas parallèles, et tu vas introduire un biais dans tes calculs.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ADN par les sels (salting out)

-dernière question il est dit à la fin du protocole qu'une fois l'ADN séché resuspendre avec de l'eau distillée ou le tampon TE, mais on ne donne pas la quantité. Est ce que ce n'est pas forcément précis, et ne fausse pas l'estimation de la concentration de l'ADN par la suite.  [...] merci pour ton aide... effectivement j'ai dû casser l'ADN en vortexant brutalement, j'ai refait en faisant attention à ça et ça a très bien marché, une concentration assez importante.  [...]

[Biologie Moléculaire] Gros problème.....

Nous avons donc pensé que la quantité d'ADN était peut être inhibitrice à trop forte concentration, j'ai donc recommencé deux PCR à partir de mon extrait plasmidique.  [...] mais la quantité d'adn ne semble pas etre un probleme sauf à grande dose car le PCR marche avec l'utre protocole d'extraction (typa maxiprep) et sur la suspension bactérienne.  [...]