• Forum - Concentration, ARN, Total

[Biologie Moléculaire] problème migration ARN gel agarose

C'EST EFFECTIVEMENT UNE ERREUR de frappe LE GEL EST BIEN a 1% et j'ai une migration aux UV sans détachement, pas de bandes distinctes, 2 puits emettant la ligne totale de migration aux UV.Quand la photo sera disponible ce sera + parlant.  [...] Mais si on part du principe que l'ARN n'est pas dégradé, alors le mire visible correspond aux ARNm et il faudrait une concentration monstrueuse en ARN total pour que les ARNm donné ce genre d'image.  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction d'ARN à partir de coupes cryostat

j'utilisais pour ma part des coupes de 25 µm sur du tissu épithélial. La concentration en ARN total variait pas mal, en moyenne je dirai que ça donnait du 0.2 µg/µL.  [...] Pour une bonne conservation de tes ARN, effectivement il faut éviter la décongélation / re-congélation. Si le cryostat est éloigné du -80°C il vaut mieux en effet transporter les ARN dans de la carboglace. Enfin évite de laisser traîner tes coupes trop longtemps dans le cryostat.  [...]

[Biologie Moléculaire] EXTRACTION ARNt

Bonsoir, je viens de me lancer dans des expériences d'extraction d'ARNt à partir du sang total.dans ma première extraction j'ai obtenu un randement de 2,1 (DO260=0,069) avec une concentration de 69ug/ml qui me parrait faible. dans l'étape de rétrotranscription selon le protocol je dois prendre 1ug/ul d'ARN alors que mon échantillon a une concentration faible(0,069ug/ul), je ne sais pas quoi faire dans ce cas, est-ce que je peux doubler de volume pour régler ce probleme.  [...] une autre question me préoccupe, la valeur de 69 est la concentration, alors comment déterminer la quantité de mon ARNt.  [...]

[Biologie Moléculaire] Q-CPCR encore !

Mais ma question est la suivante, après les résultats de Q-PCR, je trouve par exemple dans l'échantillon 1 le gène A exprimé 2 fois plus que l'autre, faut-il alors que je normalise par la quantité d'ARN total initiale ou cela n'est pas représentatif de l'expression.  [...] Et c'est là que ca me pose problème. SI tu prends un gène qui est est autant exprimé dans 500 ng d'ARN dans deux tissus différents (avec les répétitions qui vont avec..), tu dis que c'est un gène de référence, mais si tu ramènes ca à la quantité d'ARN total celui n'est plus un gène de référence bien qu'on soit à la meme quantité de matière.  [...]

[Biologie Moléculaire] qRT-PCR

J'ai extrait l'ARN total puis dosé par spectro. Mon problème est à l'étape de la RT. Mes concentrations sont d'environs 30µg/mL (dans un volume de 30µL d'eau). Sur tous les protocoles que j'ai pu voir, les RT sont effectués à partir de 1µg d'ARN dans un volume final de 20µL, je n'ai pas de tels quantité.  [...] Je voulais donc savoir si je pouvais réaliser des RT sur 300 voir 250 ng d'ARN tout en conservant les différents réactifs à bonne concentration (donc dans un volume final de 20µL).  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR quantitative

En ce qui me concerne, je quantifie de l'ARN viral du VHC par RT-PCR quantitative et on voit clairement des inhibitions pour des concentrations en ARN trop importantes.  [...] Plusieurs fois, en réalisant des triplicate à la même concentration d'ARN de départ, les échantillon d'un patient réellement infecté se sont révélés négatifs. En refaisant la manip en triplicate, mais avec 3 dilutions différentes, le patient à bien été détecté positif.  [...]

[Biologie Moléculaire] Dilution PCR

oui c'est ca. Ex. ton tube d'amorces est a 10µM, et tu dois avoir une concentration finale de 500nM. Combien en prélèves tu sachant que le volume réactionnel total est de 50 µL.  [...] Après le souci de la suspension des oligo que j'ai, heureusement, finalement compris je n'arrive pas à trouver la quantité de l'enzyme (herculase pour mon proto) à mettre dans mon mix de 50ul. si la concentration de l'enzyme est de 5U/ul et qu'il me faut 5U pour mon volume total de 50ul je dois mettre 250ul.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction ARN total sur fourmi unique

je cherche à extraire l'ARN total à partir d'une fourmi unique, dont je dois tirer 4-5 µg. J'utilise la méthode Trizol-chloroforme, mais j'ai toujours un problème de pureté, spécifique à la fourmi. J'ai un pic d'absorbance à 220-230 nm, dont je n'arrive pas à me débarrasser.  [...] De plus, le culot d'ARN est d'une couleur marron très foncé. J'ai essayé de purifié avec une colonne de kit, mais le problème ne s'améliore pas, alors que ça marche sur d'autres organismes. Je suppose que mon problème provient de la cuticule de la fourmi (je filtre mes échantillons sur colonne Qiashredder pour éliminer les gros débris avant la séparation de phase), et j'aimerais savoir si vous aviez des idées pour améliorer mon protocole.  [...]

[Biologie Moléculaire] Que devient l'ARNr dans une reaction de RT

Voila, nous avons effectué ensemble une extraction d'ARN total (à partir d'embryon de zebrafish) en utilisant un Kit (avectraitement à la DNAse). Pour vérifier la qualité des nos ARN nous en déposons 1µl sur une puce ARN Nano bioanalyser agilent. Nous y avons vu nos deux beaux pics d'ARNr 18 et 28S avec un RIN de 10.  [...] De plus, j'ai fait un rapide calcul. vous dites que vous avez un volume final de 40 microlitre à la fin de la RT et que vous mettez 1 microgramme d'ARN. Si mon calcul est juste, cela vous donne une concentration de 25 nanogramme/microlitre. attention vous êtes à la limite de détection d'une puce ARN Nano.  [...]

Qcu

L adn chromosomal et l arn ribosomial 23s d'E.Coli ont comme poids moléculaire respectivement 2,2 109 et 1,1 106. Approximativement 0,3% de l Adn total sont hybrides avec cet Arn 23s. Donner le nombre de copies de gene de l Arn 23s que contient l adn d'E coli.  [...] Ok, donc premierement j ai remarqué que le poids moléculaire de l adn et de l arn sont tres proches. Donc ils aurons presque la meme longeur, et si j bien compris les arn vont se coller sur leurs sequences complémentaires ds l adn, mais quand j ai calculé le nombre de nucleotides de l adn j trouvé 36, et 35, donc je sais que j ai pas bien interprété le xercice, c est pour cela que j ai besoin de votre aide.  [...]