• Forum - Comparaison, Séquences, Protéines

Pourquoi pas de matrice de substitution pour l’alignement (BLAST) des séquences nucléotidiques

La comparaison de séquences de protéines ou de nucléotides permet d'évaluer le degré de parenté entre ces séquences. C'est essentiellement ce que font les outils BLAST.  [...] Les matrices de substitution des protéines sont construites à partir de jeux de données existants (exemple type est blossum) qui visent a donner un score pour la substitution d'un acide aminé par un des 19 autres. Pour l'ADN nos disposons des modèles d'évolution plus simples (comme Kimura) avec des paramètres de transition et transversion, pour passer d'une purine à une purine, d'une purine à une pyrimidine... donc pour moi ces modèles existent.  [...]

[Génétique] Terme scientifique pour comparaison des séquences d'ADN

Que signifie séquencer le génome Est-ce suffisant pour identifier les gènes et leur fonction Comment s'appelle le fait de comparer des séquences d'ADN Citer quelques difficultés rencontrées pour résoudre ce problème.  [...] http.//bioweb.pasteur.fr/ qui montre qu'il n'y a pas de terme pour parler de comparaison de séquences d'ADN, on parle directement d'alignements.  [...]

[Biochimie] Valeur absolue d'identité entre protéines

J'ai une questions au sujet de la comparaison de séquence entre deux protéines.  [...] Existe-t-il une valeur absolue minimale d'identité à partir de laquelle on peut se dire si deux protéines partagent une homologie J'ai blasté deux protéines. Sur la région concernée elles possèdent 40% d'identité mais, sur la région complète des deux séquences, seulement 15%...Mes protéines sont-elles homologues.  [...]

techniques de genetique

Ensuite tu utilises les banques de données comme par exemple celle du NCBI et tu fais du BLAST pour obtenir les séquences les plus proches chez d'autres organismes.  [...] comparaison de séquences un BLAST contre nr (toutes les banques de données) mais il te faut la séquence protéique de ce que tu veux comparer... enfin tout ça si je ne me trompe pas.  [...]

[Génétique] Comparaison de séquences

J'ai un TP à faire en SVT à l'aide d'Anagène. Je dois faire des comparaisons de différentes séquences. Je dois révéler la notion de famille multigéniques.  [...] Pourquoi la comparaison des séquences de nucléotides d'espèces différentes est plus précise que la comparaison des séquences d'acides aminés.  [...]

Organites cellulaires

Elle jouerait un rôle lors de la transcription des gènes codant pour les ARNr et l'empaquetage de ces ARNr lors de l'assemblage des ribosomes. Cette protéine a été identifiée dans de nombreuses espèces et la comparaison des séquences montre qu'il existe une grande conservation de séquence au cours de l'évolution.  [...] C'est sur les génes de c 10 chromosomes que se trouve la zone qui sert à fabriquer l'ARN ribosomial.Il est transcrit et s'associe à des protéines pour former le ribosome.  [...]

[Biologie Moléculaire] BAC alignement

Je lis un article scientifique sur le réarrangement du génome et je suis bloquée sur un point où ils utilisent des BAC pour comparer des séquences. En fait j'ai pas eu beaucoup de cours à se sujet et j'arrive pas à comprendre la méthode donc je viens demander votre aide.  [...] Je comprends pas du tout lorsqu'ils disent paired BAC end sequences from sperm DNA... ça veut dire qu'il prennent uniquement des séquences terminales Je sais pas comment marche un alignement ou comparaison de séquences avec des BAC et donc j'arrive pas à comprendre la phrase.  [...]

[Biologie Moléculaire] comparaison de deux sequences

Connaissez vous un outil (logiciel,site en ligne ou autre )qui permette de comparer plusieurs sequences de nucleotides,de par la je veux dire mettre en evidence leur homologie de sequence,si jamais il y en a.  [...] Pour comparer deux séquences entre elles il y a Fasta (tu peux aussi utiliser ClustalW mais Fasta est plus rapide).  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

- Quels logiciels peuvent permettre à la fois le stockage des séquences ADN, la création de bases de données interne, la comparaison des séquences ADN avec des bases de données publiques, les alignements de séquences (à part Geneious).  [...] Bref, je comprends pas trop où va ton expérience. Soit tu as une information très précise à obtenir, sur un nombre limité de séquences, et tu fais du pyro-séquençage. Soit tu cherches à avoir une vision plus globale de ton génome et tu passes par du séquençage à haut débit (et après le choix de la méthode de séquençage à haut débit dépend des informations recherchées).  [...]

Allèle

Dans le foie, une protéine enzymatique (PAH) permet de transformer la phénylalanine en un autre acide aminé. la tyrosine. Chez certains individus, l'absence de PAH fonctionnelle provoque une accumulation de phénylalanine, qui entraine des troubles psychomoteurs graves.  [...] Donc si tu regardes les séquences de ce gène chez les 4 individus (3 malades, 1 sain), combien de versions, d'exemplaires du gène vois tu.  [...]