• Forum - Coloration, Spot, Protéines

[Identification] IPG strip gel combiner a une extraction au PBS

Une personne dans le labo l'a deja essayer et son gel apres coloration etait... vide, aucun spot (sauf un mais bon...), il a ensuite essayer en utilisant un kit de lavage de l'extrait proteique mais le resultat obtenu etait moin bon qu'une extraction PBS suivie d'une 1-D en tube gel.  [...] Vour pourriez peut être tenter également un coloration au nitrate d'argent qui est bien plus sensible que le bleu de Coomassie afin de voir s'il n'y a pas de spot du tout ou si la concentration en protéines est seulement juste un peu faible.  [...]

Les puces à protéines

2- Sur chaque spot, on verse une multitude de protéine chelatantes auquelles on a attaché une substance qui émet de la lumière colorée (enzymes, anticorps etc..) et ceci de manière identique sur chaque spot (autrement dit si on a 50 protéines chelatantes différentes, chaque spot sera en précense de ces mêmes 50 protéines chelatantes).  [...] Du coup, pour les cancers, si on fait une comparaison entre les spots protéiques extirpés d'une cellule cancéreuse avec ceux d'une cellule saine, on pourra comparer les quantités des protéines présentes et celles qui st surexprimés ou sous-exprimés par la coloration seront celles à étudier pour le cancer.  [...]

Informations sur ce fameux test vih - Page 3

Trois étapes simple, la lyse des cellules (et dénaturation des protéines en même temps). On dépose le tout sur une membrane où se trouve des protéines recombinantes virales ainsi qu'un contrôle. Lors de cette étape, les anticorps non spécifique du patient vont se fixer sur le contrôle, et les anticorps anti VIH (si il y en a) vont se fixer sur les protéines virales de la membrane.  [...] Tu colores ensuite les protéines (les anticorps étant des protéines), puis tu rinces le tout avant la lecture immédiate. Il doit y avoir un spot minimum, le spot témoin, qui indique qu'il y a eu suffisamment de sang pour le test. Le deuxième spot n'est visible que si il y a des anticorps anti-VIH dans le sang.  [...]

[Identification] résultats de spectrométrie de masse

mon deuxième problème concerne le poids de mes protéines. je n'arrive pas à comprendre pourquoi dans un spot prélevé à 120kDa par exemple, des protéines de 65 ou même 45kda y sont identifiées. est ce que je dois les illiminer et ne pas en tenir compte.  [...] 2) Une protéine peut présenter des motifs d'acides aminés caractéristiques qu'on retrouve chez d'autres protéines. On peut même former des familles en se basant sur ces similitudes de séquence. La signature d'une famille est la conservation de différents motifs spécifiques (avec quelques variantes) positionnés dans le même ordre et à des distances similaires d'une séquence à l'autre.  [...]

[Biotechnologie] Global Analysis of Protein Activities using proteome chips

Ce papier a pu faire un Science car les autres puces protéomiques n'avait pas ce nombre de protéines testées, ni cette sensibilité en 2001. De plus, cette puce permet d'observer les interactions protéine-protéine, mais également protéine-lipide (pour le transport des lysosomes, par ex), ce qui est complètement nouveau à cette échelle.  [...] Car finalement, on retombe toujours dans la grande problématique des puces protéiques (problème que n'a pas les puces ADN). la fixation de la protéine sur le support d'observation. En effet, il faut bien fixer la protéine par un bout sur le support. Or, ce morceau fixé ne peut alors plus (ou très peu) interagir avec des protéines avec laquelle il aurai interagit normalement.  [...]

[Biochimie] Etude des protéines par spectrométrie de masse

Bonjour à tous, j'ai un problème de compréhension avec la spectrométrie de masse, j'ai compris qu'il y a plusieurs types de source d'ionisation et plusieurs types d'analyseur qui peuvent être couplés entre eux de multiple manières. Mais je ne comprend pas quel est l'intérêt d'utiliser plutôt l'une ou l'autre (particulièrement ESI ou MALDI) de ces sources d'ionisation sachant qu'au final on aura un spectre m/z. Quelqu'un pour m'éclairer.   [...] De plus, la source ESI est facilement couplée à une chromatographie liquide qui va entrainer la séparation des peptides avant l'entrée dans le spectro. Il est bien sur possible de le faire avec un appareil MALDI-TOF mais ca prendra beaucoup plus de temps puisqu'il faudra faire des gels à 2 dimensions par exemple pour séparer au maximum nos protéines puis faire l'extraction de chaque spot, reduction alkylation et digestion qu'on dépose sur la plaque MALDI (aujourd'hui la robotisation fait qu'il est possible de coupler une chromatographie liquide au MALDI).  [...]

[Biotechnologie] quantification des protéines

ils ont fait une electrophorese en 2D, ensuite ils ont autoradiographié le gel, ensuite ils disent qu'ils ont excisé les spots et qu'ils ont fait une scintillation liquide puis denombrement. d'autre part, ils disent qu'ils ont excisé d'autres spots et qu'ils ont analysé les acides aminés.  [...] L'autoradiographie permet de reveler les spots sur le gel 2D. Ils decoupent les spot et ils font une scintillation liquide pour quantifier (la radiactivite est proportionelle a la quantite de proteine), puis ils envoient la bande en MS ou edman pour avoir la sequence en AA.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique de laboratoire en biologie moléculaire

Protein microarrays provide a powerful tool for the study of protein function. However, they are not widely used, in part because of the challenges in producing proteins to spot on the arrays. We generated protein microarrays by printing complementary DNAs onto glass slides and then translating target proteins with mammalian reticulocyte lysate.  [...] Epitope tags fused to the proteins allowed them to be immobilized in situ. This obviated the need to purify proteins, avoided protein stability problems during storage, and captured sufficient protein for functional studies. We used the technology to map pairwise interactions among 29 human DNA replication initiation proteins, recapitulate the regulation of Cdt1 binding to select replication proteins, and map its geminin-binding domain.  [...]

DNAchip

Et dans les techniques où une seule puce suffit, comment être sûr lorsqu'on obtient un spot rouge par exemple que c'est bien parce qu'on a une surexpresion d'un gène dans une condition par rapport à l'autre et non pas parce qu'il y a eu plus d'hybridation avec l' ADNc marqué avec la Cy3.  [...] Par contre dans la technique que décrit Eska, j'ai l'impression qu'on ne veut comparer l'expression que pour une seule protéine (puisqu'apparemment on ne fixe qu'une seule sonde Oo) or je me demandais si j'avais rien compris au schmilblick ou si il y a avait pas une technique plus simple que le DNAchip à réaliser (dans le cas d'Eska).  [...]

Daltonisme : je n'y comprends rien !

On laisse tomber la luminance qui ne présente pas d'intérêt dans notre cas, et on s'intéresse à la seule sensation colorée, qui peut donc être représentée sur un diagramme de chromaticité à deux dimensions, x et y.   [...] - Pour voir un spot lumineux il faut que le spot active un groupe de cellules ET que les cellules périphériques à la stimulation soient inhibées.  [...]