• Forum - Chauffage, Liaisons, Formaldéhyde, Protéines

Chromatin immunoprécipitation et protéomique

Je suis en plein dans du ChIP, je ne sais pas comment tu crosslink, ni comment tu unlink, mais perso je crosslink au formaldehyde puis unlink par chauffage 2h 42 degres et 6h 60 degres en rajoutant de la pronase.  [...] pour le unlik c'est censé etre pareil mais j'aurais justement voulu savoir si le seul chauffage détruisait spécifiquement les liaisons créées par le formaldéhyde et donc si je pouvais espérer récupérer les protéines.  [...]

[Biochimie] Epigénome et immunoprécipitation

L'immunoprécipitation est une méthode utilisée pour étudier les séquences de DNA auquelles se lient les protéines. Pour ce faire on utilise du formaldéhyde qui gele les molécules, le liquide va fusionner de manière covalente les protéines au DNA. On va lyser les cellules et récupérer le DNA puis le fragmenter.  [...] Une fois fait, on enlève l'effet du formaldéhyde en chauffant et on détache les protéines, les séquences de DNA récupérée sont des séquences fixant des protéines. On peut soit les séquencer à ultra haut débit soit les hybrider sur des puces pour voir à quoi elles correspondent.  [...]

[Divers] Intérêts du NaDOC, SS DNA, chelex, Tris Cl dans plusieurs expériences

Je réalise des ChIP (chromatin immunoprecipitation), et après extraction de l'ADN sur lequel les protéines ont été crosslinkées au formaldehyde, l'ADN est dans un tampon dit d'immunoprécipitation. celui-ci contient du NaDOC... à quoi cela sert-il.  [...] Après lecture de certains sites, le chélex lie les ions nécessaires à l'action des nucléases, ce qui protégé l'ADN pendant le chauffage à 99°C effectué lors du reverse crosslink.  [...]

fixation des cellules

La fixation PAF te créé des liaisons covalentes entre les NH2 de tes protéines. Le méthanol (perso je l'utilise froid, sortit du congélo -20°C) dénature et précipite tes protéines.  [...] La méthode de fixation par la formaldéhyde va créer des ponts entre les protéines ce qui permet une conservation de la localisation. De plus les lipides ne sont pas solubilisés. C'est pour cette raison qu'il faut perméabiliser tes membranes avant de faire une manip d'immuno par exempl.  [...]

[Biologie Cellulaire] déshydratation d'une cellule

Bonjour, Je me demandais par quel principe une cellule était déshydraté avec du formaldhyde ou de l'alcool par exemple pour les préparation de lames en microscopie photonique.   [...] Le formaldéhyde ne déshydrate pas les cellules, il fixe les protéines. La déshydratation est faite par l'alcool. On ne déshydrate pas brutalement pour éviter une sortie d'eau trop brusque qui abimerait les cellules. C'est pourquoi on passe par des bains de concentration croissante de procéder à un remplacement doux de l'eau par l'alcool.  [...]

[Biologie Cellulaire] Qu'est-ce que la cellule subit dans le Formaldéhyde ?

Je ne sais pas excactement pour le formaldéhyde, mais pour le paraformaldéhyde (PFA) qui est souvent utilisé au laboratoire. La PFA crée des ponts réticulés entre les protéines avec elle-même. En gros, deux protéines proches vont être fixées par des molécules de PFA en trois dimensions (si je ne dis pas de bêtises, la PFA agit sur les fonctions amines de la protéine).  [...] Les effets sur la cellule est normalement non-visible (excepté que tous ces processus sont arrêtés, donc elle meure), et la cellule est normalement bien conservé. Cependant, s'il l'on cherche à visualiser de très petites structures/organisation, la PFA réorganise à l'echelle du nanomètre les protéines en un réseau réticulé.  [...]

[Biochimie] Séparation en gradient sucrose

Je pensais, pourquoi ne pas fixer tes rafts avec du formaldehyde avant de deposer sur un gradient de sucrose Ensuite vu que tes rafts seront fixes, rien ne t'empeche de charger en detergeants/denaturants pour empecher la formation de supracomplexe.  [...] L'idée pourrait être bonne si les lipides pouvaient être fixés par le formaldehyde, ce qui n'est pas le cas. Il y a tout de même les protéines autour de la membrane qui en étant fixées permettent le maintien de la structure membranaire, mais les lipides ne sont pas fixés pour autant.  [...]

[Biochimie] formol ds les labos :sos:

Non, le formaldéhyde est un gaz, tandis que le formol est une solution (pour comparer c'est le même rapport qu'entre la biere et l'éthanol. les biologistes connaissent peut être mieux ces composés ). La solution dans l'eau peut effectivement conduire à une polymérisation (principalement sous forme de polyoxyméthylène). Une dilution ne renverse pas la réaction.  [...] Tu dois probablement parler de para-formaldehyde non Ce dernier (polymere de formaldehyde) est sous forme de poudre et se depolymerise au contact de l'eau. une fois en solution, le formaldehyde a tendance a repolymeriser pour former du para. C'est pour ca je pense qu'il faut l'utiliser 30 min apres dilution (AMHA).  [...]

[Microbiologie] mode d'action de l'ampicilline et du formol?

C'est un antibio de la famille des béta-lactamines, comme la pénicilline, les céphalosporines, les anti-béta lactamases. Cette famille d'antibios s'attaque à la formation de la paroi bactérienne, via une liaison avec à une PBP (Penicillin Binding Protein) et l'inhibition de la propriété trans-peptidase (nécessaire pour la synthèse du peptidoglycane, donc pour la construction de la paroi).  [...] Les aldéhydes (et donc le formol) ainsi que les alcools possèdent une activité anti-microbienne comparable à celle de la chaleur en dénaturant les protéines et en lésant les membranes cellulaires.  [...]

[Immunologie] utilisation du paraformaldéhyde

La première façon est de partir de paraformaldéhyde en poudre et de la chauffer en PBs pour sa dissolution. sur le plan sécurité, ce prodédé est très moyen car la poudre est très volatile et le produit très cancérigène produit des vapeurs (or c'est un cancérigène reconnu), et la solution obtenue n'est pas stable dans le temps.  [...] Effectivement il faut se mettre sous la hotte pour dissoudre le PFA, d'autant plus qu'il faut chauffer pour bien dissoudre (dégagement de vapeurs de formaldehyde). Après dissolution, bien vérifier que le pH a la valeur préconisée. Il ne faut pas que le fixateur soit trop acide sinon la fixation se fait mal.  [...]