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[Biologie Cellulaire] definition protéine

à mon avis la limite ne peut être que conventiionnelle. Sache aussi que certaines protéines sont constituées de plusieurs chaînes.  [...] mais ce ne sont que des chiffres théoriques car il y a des protéines de moins de 100 acides aminés et vice versa, c'est surtout la structure qui compte, quand c'est plus ou moins linéaire il s'agit de peptide, lorsqu'on voit une conformation 3D avec des repliements dans l'espace on parle de protéine.  [...]

définition d'une protéine

Peut-être utile d'indiquer en complément qu'une protéine peut être une seule molécule tout en étant composée de plusieurs chaînes, liées par des liaisons covalentes (typiquement des ponts disulfures ). Un exemple est l' insuline.  [...] quand tu dis tronquée tu veux dire que la chaine peut être coupé par des enzymes à un endroit et elle peut se relier ensuite a la chaine par des liaison H ou des pont disulfures et est ce que par exemple un gène peut coder pour la moitié d'une protéine et un autre pour l'autre moitié.  [...]

[Biochimie] Lien special dans un fichier PDB

Voilà.. J'ai une structure cristallographique d'une proteine qui n'ai pas encore publiée. Il existe dans cette proteine une liaison covalente entre une ASN et une LYS. ce qui se passe en fait c'est une attaque nucléophile de l'azote de la chaine laterale de la lysine sur le carbone de l'ASN, resulant a la creation d'une vraie liaison et au départ du NH2 de l'asparagine (le c=o étant conservé).  [...] Comment faire que les logiciels de visualisation (pymol) interprete correctement cette liaison et l'affiche bien Je ne sais pas comment modifier le fichier pdb. La fonction Link ne marchant pas.  [...]

[Biochimie] La charge des protéines à pH=7

Merci pour vos réponses, mais je dois dire que je trouve cela encore bien floue. comment peut-on avoir un NH3+ sur une chaine latérale de protéine sachant que ce dernier devrait être pris normalement dans la liaison peptidique (comme le COO-).  [...] je ne vois pas comment déterminer la charge de la protéine suivant le pka. pouvez-vous m'expliqer j'ai bien les pka des chaines latérales du tableau en tete mais ne parvient pas à m'en servir.. je vois le rapport entre le ph et la charge de la chaine latérale.  [...]

Huile De Palme = Danger Pour La Sante, Cauchemar Ecologique

Comme le dit jgiovan, les huiles hydrogénées gardent une double liaison et de ce fait la configuration des morceaux de chaîne de part et d'autre sont soit en position trans avec un aspect plutot linéaire, soit en cis, avec les deux brins du même coté de la double liaison et un aspect en epingle de nourrice.  [...] Il existe des trans naturels fabriqués par les ruminants surtout mais l'emplacement de la double liaison n'est pas au même endroit sur la chaîne.  [...]

Bactérie

Certains, les acides lipoteichoïques, sont placés transversalement. et s'enfoncent jusqu'à la membrane cytoplasmique. En général il n'y a pas ou peu de protéines dans la paroi des bactéries à Gram positif. Parmi les exceptions, notons la protéine A de Staphylococcus aureus (cf chapitre Staphylocoques ).  [...] Les lipoprotéines sont le lien entre le peptidoglycane et la membrane externe. le composant protéine est un polymère de 15 acides aminés qui forme une liaison peptidique avec le tétrapeptide des chaînes latérales du peptidoglycane. le composant lipide est relié à la membrane externe.  [...]

Les omégas 3, 6 et 9

Les numéros 3,6 et 9 correspondent à la position de la première liaison insaturée par rapport au dernier atome de la chaine, nommé oméga. Un oméga 3 possède donc trois liaisons doubles, sur les 3è, 6è et 9è atomes en partant de la fin de la molécule (la fonction acide se trouvant au début de la chaine), un oméga 6 deux liaisons doubles (6è et 9è), et un oméga 9 une seule (9è, monoinsaturé).  [...] La notation oméga (3,6...) correspond en fait à la position de la dernière double liaison par rapport au dernier atome de la chaîne carbonée. Pour reprendre l'acide arachidonique cité plus haut, le dernier carbone est le 20, la dernière double liaison est en position 14, il s'agit donc d'un acide gras de la famille w6. CQFD.  [...]

[Biochimie] Diverse question

Quels types d'interactions interviennent dans la liaison entre une protéine et son ligand j'ai répondu que sont les interactions apolaire, non covalente, ioniques et les liaisons hydrogène.  [...] Ai-je répondu correctement à cette question. Quels types d'interactions interviennent dans la liaison entre une protéine et son ligand.  [...]

[Biologie Cellulaire] Domaine de liaison à l'ADN

Dans le premier cas, les protéines n'ont pas besoin de reconnaître un motif particulier de l'ADN. Et qu'est-ce qui n'est pas spécifique dans l'ADN La chaîne principale avec les posphates chargés négativement. Ainsi, beaucoup de protéines non spécifiques comme les histones sont basiques (chargées positivement) et vont dons établir des interactions ioniques avec l'ADN.  [...] Dans un premier temps il faut bien qu'elle adhère de manière aléatoire à l'ADN par ces phosphates ( fixation non spécifique donc )ensuite qu'elle rompt les liaisons et enfin qu'elle se fixe ou pas à la séquence de paire de base. Sans compter sur le fait qu'elle doit dégager l'hisone de l'ADN si sa séquence spécifique est enroulée autour d'un octamère d'histones... Elle fait tout ça la protéine.  [...]

hélice alpha

j'ai une question concernant l'hélice alpha d'une protéine. sur mes cours il y'a écrit que l'hélice se stabilise grâce a des liaison H mais aussi grâce a des interactions hydrophobe entre les chaines latérales des acides aminés, mais comment il peut y'avoir des interactions entre les chaines alors qu'elles sont toujours orientées dans des directions opposées.  [...] L'interaction hydrophobe se fait entre deux acides aminés qui se trouvent l'un au-dessus de l'autre sur la spirale, avec des chaînes latérales dans la même direction.  [...]