• Forum - Calcul, Pente, Efficacité

[Biologie Moléculaire] Efficacité PCR quantitative

J'ai fait un petit résumé en PDF sur le calcul de l'efficacité. J'espère que ca t'éclairera. Je pense que ca peut etre utile pour comprendre le principe de la QPCR.  [...] Car une chose m'intrigue. lorsqu'on fait le calcul pour savoir de combien doit être la pente pour avoir une efficacité maximale égale à 1 (donc dans le cas ou E est compris entre 0 et 1) et bien on tombe sur une pente = -1 / log 1 qui mathématiquement impossible.  [...]

[Biologie Moléculaire] calcul d'efficacité de PCR

merci pour ce doc j'y avais déjà jeté un oeil mais ce qui me chagrinais c'est qu'il parle de C0 (concentration initial connue par l'expérimentateur) dans leur explication, et dans leur exemple il aborde que le passage le calcul de l'efficacité de la PCR avec le standard la myoglobine donc la concentration est connue en revanche pour le gène X rien.  [...] Comme dit au dessus, pour calculer l'efficacité d'une PCR, pas besoin de connaitre la concentration exacte de ton échantillon standard. Tu peux par exemple attribuer une valeur arbitraire 1 au standard non dilué, puis faire les dilutions comme ca te chante par la suite (dilution en série par 4 ou 10 ou autres), et le calcul de la pente te permettra de calculer l'efficacité.  [...]

[Biologie Moléculaire] Gammes pour calcul de l'éfficacité de la RT-qPCR

dans le labo je fait mes calculs de quantité relative sans le calcul de l'efficacité, cet-à-dire, j'utilise E=2 (efficacité = 100%), mais si je veux faire ces calculs de la quantité relative avec la vrai éfficacité ( E differente de 2), je peux utiliser la même formule R=E^-deltaCp sauf que en se cas le E est differente de 2.  [...] L'efficacité est propre a un protocole donné, c'est à dire amorces, mix réactionnel et programme d'amplification. La seule façon de calculer l'efficacité d'une PCR est de faire une gamme de concentration en parallèle des échantillons pour chaque couple d'amorces utilisé.  [...]

calibration entre différents run en QPCR

tu as certainement obtenu des efficacités équivalentes, donc à priori, tu peux utiliser tels quels les quantités obtenues. (PS, je vois pas comment aligner les PCR sur l'efficacité, et sinon, la slope (pente de la droite) est un paramètre qui te sert à calculer l'efficacité de ta PCR).  [...] Grâce à cette quantification relative, tu te retrouves avec une variation minime de l' expression en fonction de la quantité d' ADN introduite et tu peux gérer des résultats de différentes expériences plus sereinement.   [...]

[Biologie Moléculaire] Interprétation PCRq en temps réel (SYBER Green)

Ce raisonnement n'est valable que si la gamme a été effectué par des dilutions de raison 2, ton Efficacité traduit la différence de quantité d'échantillon entre chaque point de gamme. Donc si tu as réalisée une gamme de raison 4 tu aurais obtenu E=4.  [...] je ne suis pas d'accord. la pente ne varie pas selon que les dilutions sont en 2, en 3 ou en 5. C'est indépendant. Je fais des dilutions par 3 ou par 5, mon efficacité reste proche de 2 et la pente proche de 3,3.  [...]

[Biologie Moléculaire] efficacité qPCR

je n'arrive pas à trouver de réponses à ma question. que signifie une efficacité de PCR supérieure à 100%, en l'occurence ma pente est de -2.4 et mon efficacité de 1.56.  [...] Le profil de fusion semble correcte, rien n'apparait dans l'eau, j'ai bien un seul pic pour mes échantillons. Concernant les autres gènes testés sur les mêmes échantillons l'efficacité est normale.  [...]

[Microbiologie] Croissance bactérienne dosage vitamine B12

J'ai un petit problème j'utilise une souche(lactobacillus delbrueckii) pour doser la vitamine B12 dans des compléments alimentaires. Je ne vais pas détailler tous le protocole mais au final j'ai des tubes contenant 10 ml de milieux + 0.1 ml de ma solution à doser j'incube puis je fait une lecture par turbidimétrie çà fonctione super je fait çà depuis 10 ans.   [...] Cette croissance lente me pose des problèmes dans le calcul de mon dosage qui a besoin pour bien fonctionner d'une bonne pente de croissance(phase exponentielle).  [...]

[Biochimie] Au secours!

3 – Tracer la courbe A595nm = f (concentration en SAB) et calculez la pente de la droite d'étalonnage, que vous exprimerez en mL.µg-1. Quel est l'intérêt d'un tel calcul.  [...] La 1ere chose que je dis à mes étudiants en 2 eme année, c'est de redessiner le protocole sur un papier avec des schémas simples pour comprendre les différentes étapes, et pour n epas les oublier dans les calculs par la suite.  [...]

Calcule vitesse initial d'endocytose chez l'amibe

Cependant si quelque part tu peux trouver une courbe (ou quelques points) qui te donne l'absorbance en fonction de la concentration, tu peux retrouver ce coefficient en utilisant la loi de beer lambert. Il est difficile de trouver un coeff sur internet car il change en fonction des conditions expérimentales (v'est peut être la raison pour laquelle tu trouve des valeurs différentes).   [...] vu que le prof ne nous a pas donné de coefission d'hrp ça veut dire on en a pas besoin pour calculer la vitesse du coup on effectue juste un calcul basique de pente.  [...]

[Biochimie] Technique de PCR en temps réel

En attente de la validation de la pièce jointe, la PCR n'augmente jamais la quantité d'ARN, la seule chose qui est répliquée est de l'ADN.   [...] Dans le cas idéal, si on représente le cycle number en fonction du log de la quantité initiale de matrice, on obtient une droite comme sur le panneau de droite, dont la pente est corrélée a l'efficacité de PCR.  [...]