• Forum - Biologie moléculaire, ORF, Bactéries

le promoteur pour réguler le gène... mais le terminateur dans tt ça?

Lorsqu'on veut faire surexprimer un gene par une plante, on met ce gene ss le controle du promoteur fort 35S (CaMV 35S) mais en general, on lui remplace egalement on terminateur par le terminateur NOS... alors c'est bien connu que le promoteur regule l'expression du gene en aval, mais qu'en est-il du terminateur, pourquoi ne pas lui laisser son propre terminateur.   [...] A mon humble avis, c'est juste que pour toutes les étapes de biologie moléculaire on travaille avec l'ORF car sinon les plasmides seraient trop grands pour transformer des bactéries. Et à la fin on rajoute un terminateur pratique déjà présent dans les constructions acceptrices finales.  [...]

[Biologie Moléculaire] Fournisseur plasmide d'expression (avec ORF spécifique)

[Biologie Moléculaire] Fournisseur plasmide d'expression (avec ORF spécifique).  [...] Refaire des bactéries compétentes ne prend pas tant de temps que cela (bon le rendement n'est pas toujours génial quand on a pas l'habitude). Vous avez meilleur temps de faire tout ça vous même... Sinon les bactéries compétentes peuvent s'acheter toutes faites si c'est ça qui est limitant (je ne sais pas si il y a spécifiquement celles que vous voulez en revanche).  [...]

Génie génétique ARNm au lieu ADN

C'est une question pratique. On laisse l'organisme faire tout le boulot. C'est assez simple d'extraire les ARNm et tu n'as que les informations qui t'interesse. c'est à dire le gène en lui même sans tous ses éléments régulateurs. Ensuite y a plus qu'à faire une reverse transcription et le tour est joué.   [...] Quoi qu'avec les bactéries tu dois te retrouver avec des ARNm polycistronique mais bon. Sinon il faudrait s'amuser à découper le génome récupérer le gène en question enlever tout ce qu'il y a autour récuperer juste l'ORF enfin bref ce serait un casse tête.  [...]

Problème sélection kanamycine

J'essaie de sous cloner un gène dans le vecteur pADTRACK-CMV, donc un plasmide avec deux ORF, mais surtout une résistance à la kanamycine. Malheureusement jusqu'à maintenant j'obtiens toujours des tapis complet de colonie absolument partout et surtout même dans mes controles ne contenant que des bactéries (non transformées.  [...] J'ai déja envisagé la température et j'ai donc testé à la température minimum possible, j'ai testé 3 antibio différent, j'ai également testé mon milieu SOC uniquement sur les boites et cela vient vraiment des bactéries elles mêmes. J'ai testé des HB101 qui elle semblent ne pas être résistantes. Je vais donc continuer avec ces bactéries.  [...]

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF?

ORF c'est pour open reading frame. phase de lecture ouverte. On comprend immédiatement l'intérêt (si on a un minimum de base de biologie, mais si vous posez la question j'imagine que vous les avez).  [...] Une ORF peut contenir plusieures CDS (cas des ORF de transposons ou de polyprotéines) qui d'ailleures ne contiennent elles que des exons (pas d'introns) mais une ORF peut ne contenir aucune CDS (par bioinfo, on penser que la région pouvait coder un ARNm mais in vivo y'a rien).  [...]

[Biologie Moléculaire] Les gènes Hox

Par la suite nous ferons le point sur une question qu'il reste à éclaircir. qu'est ce qui détermine au niveau moléculaire l'existence de la colinéarité spatiale et temporelle entre la position des gènes Hox dans leurs complexes et leur expression selon l'axe antéro-postérieur.  [...] En te lisant, ce qui m'a interpellé, et que tu poses d'ailleurs en question finale, c'est la liaison entre un déroulement physiologique spatio-temporel de l'organisation en segment selon l'axe antéro-postérieur, et son suivi au niveau moléculaire, au niveau de l'organisation spatiale génétique plus précisément.  [...]

[Génétique] analyse génique

je suis actuellement étudiant en thèse et je travail sur un cluster génique bactérien. J'ai déjà une bonne partie de la séquence avec les ORF et les protéines putatives. Cependant j'aimerai avoir une prédiction de la localisation des terminateur, stem loop, promoteurs.  [...] - A propos des promoteurs bactériens, on peut presque le faire manuellement (tu cherches les bases les plus conservées des consensus et ils sont en général situés à moins de 200 pbs de l'ORF, sauf opéron bien sûr). Si tu m'envoies des séquences, je pourrai t'en répérer un ou deux.  [...]

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF? - Page 2

je viens de voir des cours sur internet et effectivement les définitions de ORFs ne sont pas toutes identiques que ce soit des cours de faculté, des publications ou mes propres infos donc je vais envoyer un message à la bioinformaticienne du labo.   [...] D'ailleurs Aka, pourquoi dire qu'une ORF est une séquence qui CODE UN ARNm La transcription commence au (+1) et ta définition impliquerait d'inclure les 5'UTR dans l'ORF.  [...]

[Biologie Moléculaire] cistron

Bonjour, Un cistron est un synonyme désuet pour gène. Un cistron est une région du génome qui ne porte qu'une seule information génétique transcrite en ARN.   [...] On utilise aussi le terme polycistronique pour nommer certains gènes bactériens. Ici, il y a un promoteur qui permet de transcrire plusieurs ORF consécutifs en un seul transcrit. On parle aussi d'opéron polycistronique.  [...]

[Biologie Moléculaire] Ajout de sites de restrictions

Ce qu'il faut faire c'est simplement prendre votre ORF et l'amplifier par PCR en ajoutant aux amorces les sites de restrictions+ 6 nucléotides aléatoires.  [...] En faisant comme cela, vous allez récupérer votre ORF borné par les sites de restriction. Vous n'aurez plus qu'à digérer et cloner directement dans votre plasmide d'intérêt.  [...]