• Forum - Biologie moléculaire, Digestion, ADN, Enzymes, Restriction

[Biologie Moléculaire] TP digestion ADN par enzymes de restriction par électrophorèse sur gel d'agarose

J'ai fais une extraction d'ADN puis je l'ai mis en présence d'enzyme de restriction ( c'est le TP basique avec les enzymes BamHI, EcoRI, HindIII) c'est de l'ADN de phage lambda cependant comment savoir si l'ADN a été digéré par élélectrophorèse sur gel d'agarose car j'observe plusieurs fragments mais je comprends pas trop si quelqu'un peut m'éclairer merci infiniment.  [...] Tu digères ton ADN de phage, tu te retrouves donc avec plusieurs morceaux d'ADN de différentes tailles que tu sépares sur un gel d'agarose pour voir leurs tailles (en comparant avec le marqueur de poids moléculaire qui sert d'étalon) et savoir combien de sites de restriction il y a dans ton ADN de phage.  [...]

[Biologie Moléculaire] Enzymes de restriction sur plasmides- Digestion complète et incomplète

La digestion incomplète est une digestion qui n'est pas efficace sur l'ensemble des molécules du substrat. Exemple. la moitié des plasmides sont digérés, l'autre moitié est intécte. Elle se produit quand l'enzyme n'est pas bien dosée, qu'elle n'est pas très active, que la température ou le tampon ne sont pas bien ajustés,  [...] .. bref, pour tout un tas de raisons. Et comme on ne maitrise jamais parfaitement chacun de ces paramètres, on ne peut pas non plus prévoir si la réaction sera complète ou non. Surtout si plusieurs enzymes différentes sont utilisées pour chacun des sites. Après, si on fait un électrophorèse, on peut quantifier l'avancement de la digestion pour chacun des sites, car en général, les différents fragements n'ont pas la même taille.  [...]

[Biologie Moléculaire] Enzymes de restriction VS fragment d'ADN

J'ai une petite question concernant le mode de fonctionnement d'une enzyme de restriction lors de la digestion d'un fragment d'ADN.  [...] Je pense que deux paires de bases c'est peut-être insuffisant pour permettre la digestion. j'avais l'ahabitude de mettre 4 à 5 base en amont de mon site de restriction, donnant un design d'amorce de ce genre.  [...]

électrophorèse sur gel d'agarose

J'ai lu que l'ADN était présent sous forme linéaire, circulaire et superenroulé. que celui qui migre le plus lentement est le circulaire, le plus vite le linéaire et le superenroulé est intermédiaire. Dans mon cas, comme j'ai que 2 bandes ça veut dire que j'ai uniquement un mélange d'ADN linéaire et circulaire.  [...] je suis en train de me dire que ça me parait logique que l'intensité de la bande reflète l'abondance... donc dans le cas de mon plasmide digéré, ça voudrait dire que j'ai plus de forme circulaire.   [...]

[Biologie Moléculaire] Où puuis-je trouver la carte de restriction d'un plamide?

[Biologie Moléculaire] Où puuis-je trouver la carte de restriction d'un plamide.  [...] j'ai fait un TP de biologie moléculaire avec le plamide pUC18 et une question porte sur l'etablissement de la carte de restriction du plasmide a partir de digestion enzymatique faite sur celui ci.  [...]

[Biologie Moléculaire] Comment choisir les enzymes de restrictions pour un clonage?

Je suis étudiante en L3 de bio. J'ai un exercice de biologie moléculaire à faire et je bloque sur le choix des enzymes de restriction.  [...] J'ai joins le fichier de mon exercice. Comment choisir les bonnes enzymes Doivent-elles être présentes sur le MCS du plasmide et absentes de l'adn du STAT5B.  [...]

[Biologie Moléculaire] enzymes de restriction_méthylation

[Biologie Moléculaire] enzymes de restriction_méthylation.  [...] Est-ce que quelqu'un connaît deux enzymes de restriction isoschizomères dont l'une est sensible et l'autre insensible à la méthylation des CpG.  [...]

[Biologie Moléculaire] Restriction avec 3 enzymes ?

C'est encore moi, je dois purifier une bande sur gel mais même en faisant migrer longtemps sur du 1% agarose ma bande est trop proche d'une bande parasite (2500bp et 3000bp). Je vais essayer en changeant le % d'agarose (d'ailleurs que me conseilleriez vous comme %) et quelqu'un a t il déjà fait une triple disgestion avec des enzymes de restriction.  [...] Je pose cette quesion car je peux ajouter l'enzyme BamHI avec le même buffer qui raccourcira de 500bp la bande parasite (celle a 2500pb) et donc me laissant peut etre plus de place pour la découpe.  [...]

Dénaturation de l'adn en pH acides

D'ailleurs en parlant de dénaturation de l'ADN, on parle souvent de digestion par des enzymes de restriction de l'ADN avant des techniques de séquençages comme des Southern blot etc.  [...] heu... ben southern blot c'est le nom de la methode. Le principe de la methode est d'hybrider une sequence d'ADN connue sur un pannel de sequence d'ADN inconnues (banque d'ADN, ADNg coupé par des enzymes de restriction, etc...) pour mettre en evidence la presence ou l'absence de la sequence connue.  [...]

Carte de restriction

Bonsoir, je n'arrive vraiment pas à comprendre la notion de carte de restriction, en fait il y a un exemple particulier qui me tracasse, disons que nous avons une portion d'ADN à étudier et que nous avons deux cas deux figures qui se présentent soit la formation soit l'abolition d'un site de restriction et nous allons faire une double digestion avec deux enzymes.  [...] En gros (sauf dans des cas particuliers qui ne te concerne pas je pense), une electrophorese classique te permet de visualiser tous les fragment d'ADN (ta sonde ne sert à rien car elle ne se fixe sur rien). Un Southern blot te permet grâce à une sonde de visualiser uniquement des fragments ayant une séquence complémentaire à ta sonde (là, ta sonde est utile).  [...]