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[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

- Quels logiciels peuvent permettre à la fois le stockage des séquences ADN, la création de bases de données interne, la comparaison des séquences ADN avec des bases de données publiques, les alignements de séquences (à part Geneious).  [...] C'est aussi pour ca que je compare mes séquences avec des bases de données (pour les identifier) et que je souhaite avoir ma propre base de données. Quels logiciels peuvent permettre à la fois le stockage des séquences ADN, la création de bases de données interne, la comparaison des séquences ADN avec des bases de données publiques, les alignements de séquences (à part Geneious).  [...]

logiciel de bioinformatique

Cette recherche est dans le cadre d'une étude sur les différents logiciels de bioinformatique pouvant exister mais elle s'applique plus particulierement sur les rendu d'image et sur la rapidité d'excecusion des logiciel a trouver les information dans les banques de données.  [...] En gros tu cherches des logiciels de modélisation et des bases de données bioinformatiques (séquences ADN, protéines, etc...).  [...]

sequence de géne

Il existe des bases de données de séquences ADN qui sont en ligne et libre d'accès. Elles collaborent de sorte que toutes les séquences peuvent se retrouver, notamment au lien suivant http.//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ puis faire la requête dans le champ nucleotide du menu déroulant.  [...] il a l'avantage de pouvoir rechercher à partir d'une référence (type NM_000000) sans qu'on n'ai besoin de manipuler des séquences entières.  [...]

[Divers] Fac de Sciences, les débouchés.

Concernant la génétique et la bio mol, si tu aimes l'informatique, un master en bio-informatique pour être bio-informatien pour le traitement des bases de données des séquences d'ADN ou protéine pourra te convernir aussi.  [...] Pourquoi Ben parce que ce sont des matières utiles pour comprendre comment fonctionnent les appareils que nous utilisons au quotidien pour faire nos expériences. Et les stats, pareil, la plupart des articles scientifiques foisonnent de traitements statistiques des données.  [...]

[Biologie Moléculaire] La postion des éléments de réponse aux hormones

Le HRE est une séquence d'ADN qui n'est pas nécessairement toujours absolument identique dans tous les gènes cibles. Il peut y avoir de petites variation. En général on connait la séquence la plus efficace pour la fixation du récepteur de l'hormone. Donc on peut éventuellement la chercher directement sur la séquence éditée en fichier texte.  [...] Du coup, il existe des programmes qui permettent de trouver ces éléments de réponses dégénérés sur une séquence d'ADN. Ce ne sont pas des bases de données. En revanche il vont tout vous sortir sans chercher à comprendre la relevance biologique de la chose.  [...]

[Biologie Moléculaire] Analyse d'une séquence protéique

Effectues une analyse de BlastP sur le site du NCBI, rubrique outil BLAST.   [...] Celà va comparer ta séquence protéique a une multitude d'autres séquences contenues dans des bases de données, et donc te sortir les résultats les plus proches de ta séquence. Cet outil permet également d'annoter des séquences en déterminant des séquences d'intérêt (dont les domaines protéiques).  [...]

[Génétique] Fiabilité d'un test ADN pour trouver ses origines ?

1) le devenir des données. On n'en sait rien. Note que le laboratoire peut détruire le matériel biologique que tu leur as confié, une fois qu'ils l'ont séquencé il ne sert plus à rien. Mais détruisent-ils les données.  [...] je résume. un violeur en série américain dont l'ADN avait été récolté a été identifié par la police grâce à l'exploitation des bases de données d'une de ces sociétés de séquençage du génome. Le violeur en question n'avait pas lui-même fait séquencer son génome mais on a trouvé des proches parents et ensuite l'enquête a permis de l'identifier.  [...]

role des introns

De plus, même sans ce phénomène, ces séquences ne peuvent pas être inutiles. En effet, synthétiser de l'ADN coûte cher en matière d'energie, l'entretenir aussi, et l'excision-épissage aussi. Donc, on ne peut pas concevoir que l'évolution ait favorisé des mécanismes de gaspillage gratuits.  [...] Le pourcentage de bases occupé par les gènes varie de 25,5 à 37,8 %. pour les séquences codantes, ou exons, de 1,1 à 1,4 %. pour les introns, de 24,4 à 36,4 % et pour les séquences intergéniques, de 74,5 à 63,5 %. Une très faible fraction, moins de 1,5 %, des séquences de l'ADN du génome humain, code effectivement pour des séquences protéiques.  [...]

[Biologie Moléculaire] Logiciel pour pcr multiplexe

Je dispose de plusieurs séquences ADN que je souhaite amplifier ensemble, donnant des produits pcr de tailles différentes.  [...] Blast est un programme qui te permet de comparer des séquences à celles présentes dans les bases de données. Il en existe plusieurs types selon ce que tu souhaites faire. blastN, blastP, blastX etc... Les options te permettent de spécifier le type de séquence que tu soumets au logiciel et à quelles données tu souhaites que ce soit comparé (séquences protéiques, nucléotidique.  [...]

Structure d'un phage

Mais ou se trouve la fameux site cos qui rend possible l' empaquetage de l'ADN dans la capside et à quoi sert t il dans le clonage.  [...] Le phage possède bien un ADN double brin linéaire et ses extrémités sont les séquences COS (séquences cohésives d'ADN simple brin qui font 12 bases). L'ADN du phage peut donc se circulariser grâce aux COS. On peut empaqueter in vitro de l'ADN exogène dans l'ADN phagique tout en conservant les régions COS, le phage encapside par reconnaissance des régions COS puis après infection sur des bactéries l'ADN se re-circularise dans son cytoplasme.  [...]