• Forum - Bases de données, Enzymes, Production, Molécule

Question : Identifier une protéine dans un anabolisme

J'aurais besoin de précision. Imaginons que je veuille connaître le métabolisme responsable de la production de... Tient au hasard la lutéine (une molécule colorante responsable en partie de la couleur de la banane) dans la banane.  [...] À partir de quel bases de données et avec quel démarche on peut identifier les enzymes responsables de la production de cette molécule (En utilisant les Méthodes les plus modernes).  [...]

Combien de possibilités d'ADN pour chaque individu?

Je ne connais pas cette campagne de dénombrement, même si je me passionne pour certaines de ces campagnes de la biologie moléculaire et structurelle et que j'ai l'habitude d'explorer des bases de données MACiE (nombre d'enzymes) et PDB (nombre de protéines), juste pour voir les nombres totaux augmenter.  [...] En fait, pour prendre la situation opposée, des parents peuvent aussi avoir deux enfants ne partageant pas du tout leur ADN. C'est l'autre extrême. En pratique, vu que le but de la reproduction est le brassage génétique, cela n'arrive pas. Mais en gros, dans une fratrie, on ne connait pas avec certitude la proportion d'ADN commun aux frères et soeurs. Qui peut donc aller de 0 à 100% en théorie.  [...]

Mediacament & effet secondaires

J'imagine qu'il y a quelque études menées en parallèles, des statistiques, mes recherches sur google sont restées infructueuses.   [...] Ces données devraient être accessibles molécule par molécule sur le site de l'agence du médicament mais pour ce qui est de la description du risque, la correspondance est celle que les bases de données indiquent.  [...]

[Biologie Moléculaire] Hydrolyse, amidon

bonjour, je suis en 1ere s et j'ai un doute. Est-ce que si on mélange dans un tube de l'amidon et de l'eau distillée pour faire du lait d'amidon peut-il y avoir une Hydrolyse même si je n'ai pas ajouté l'enzyme Puis après si j'effectue le test de fehling(en chauffant au bain marie)peut-il donner positif à la présence.  [...] Hélas ce n'est par une coupure chimique par l'eau. ce sont des enzymes ou des substances agressives (acides, bases... ) qui coupent la molécule, puis c'est la molécule d'eau qui maintient les deux morceaux séparés.  [...]

[Biochimie] PCR & Southern Blot

D'après ce que j'ai compris, tout comme le southern blot, la PCR permet de déterminer la longueur (nombre de bases) d'une molécule d'ADN, préalablement traitée par des enzymes de restriction.  [...] PCR et Southern ne sont pas utiliser dans le même but mais ils peuvent être fait de façon complémentaire. Pour ce qui est de la révélation lors du southern effectivement la sonde doit être marqué (pas obligatoirement par radioactivité d'ailleurs). Pour la PCR les fragment amplifié sont visualiser après migration sur gel d'agarose contenant du BET (bromure d'ethidium), c'est une molecule qui s'intercale entre les base de l'ADN qui devient fluorescent sous UV.  [...]

[Biochimie] RNA seq

RT-PCR, analyses des amplicons obtenus. j'ai pu constater notamment l'induction de gènes de l'immunité cutanée. Dans mon cas c'était une manip super délicate pour être vraiment quantitative (il me semble avoir fait du semi-quantitatif par prudence, mais je n'ai pas eu le temps de mettre au point pour améliorer la précision de ma manip), peut-être que d'autres protocoles ou d'autres échantillons permettent d'être super précis. Mais voilà pour les grandes lignes.   [...] Cela génère beaucoup d'information par échantillon, ça n'est pas exhaustif mais ça ratisse large. De ces infos, on peut en confrontant les résultats a des bases de données, dégager des indices du genre cette molécule active des gènes impliqués dans le stress oxydant, ou bien cette autre molécule modifie l'expression de gènes du cycle cellulaire, etc. C'est du débroussaillage.  [...]

[Divers] Albumine dénaturée

Les daltons (Da) sont utilisés lorsque l'on parle de masse moléculaire. Lorsqu'on parle d'une protéine, de brin d'ADN, on utilise les daltons. 1 Da = 1 g/mol. Ils sont plus pratiques d'emploi lorsqu'on parle de grosses molécules, on les retrouve donc essentiellement pour définir la masse de macro-molécules ce qui nous donne en même temps une idée de la taille.  [...] Je dirais masse apparente lorsqu'on détermine la taille de la molécule par comparaison avec un marqueur de poids moléculaire. Mais cette unité est aussi employée dans la détermination précise des masses moléculaires, où on retrouve bien 1 Da = 1 g/mol. Les bases de données comme expasy donnent la masse réelle de la protéine en Daltons par exemple.  [...]

monde ARN avant ADN

Dans les années 1980, les biologistes ont découvert que certains ARN étaient capables non seulement de véhiculer l'information mais aussi d'exercer une activité catalytique, comme les enzymes protéiques (Zaug et al., 1986). Très vite s'est développée l'idée d'un monde d'ARN berceau de la vie sur Terre.  [...] , 1993). Cette idée se basait sur la présence de certaines enzymes clefs du métabolisme de l'ADN dans les trois domaines du vivant, en particulier les ADN topoisomérases de type II et les ADN polymérases de la famille B. Or, nos travaux de phylogénie plus récents, basés sur les données accumulées grâce au séquençage des génomes, ont montré que cette répartition ubiquitaire était en fait due à des transferts de gènes entre domaines (Filée et al.  [...]

[Divers] Publications des biologistes du forum

Voici un superbe article publié dans PNAS où on montre qu'un hétérodimère de deux enzymes donne une nouvelle activité enzymatique qui n'est représentée que par cet hétérodimère.  [...] Et voilà un de mes projets de post-doc qui a abouti dans Molecular Cell. Quand j'aurais un peu de temps, j'essaierais de l'expliquer un peu dans la rubrique vos publications/publications de votre équipe. Je pense que c'est un bon exemple du potentiel de la ré-analyse de données de ChIP-seq disponibles dans les bases de données...Voilà pour la petite histoire.  [...]

[Biologie Cellulaire] Nombre de molécules dans une cellule

Il s'agit tout de même d'un livre publié en 1999. Les bases de données des biologistes moléculaires se sont remplies depuis lors.  [...] Par contre, si le nombre de type de protéines suit la classification EC (ce qui m'étonnerait beaucoup quand même), ça n'est pas étonnant, puisque les nombres EC attribués par la Commission des Enzymes était en 2012 (je ne connais pas de données plus récentes) de ~4800 protéines différentes dans le vivant.  [...]