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[Biologie Cellulaire] Existe-t-il une telle base de données ?

[Biologie Cellulaire] Existe-t-il une telle base de données.  [...] J'aimerais savoir s'il existe une base de données dans le genre de Pubmed qui permettrait de savoir quelles protéines exprime une cellule spécifique, par exemple, un entérocyte, un lymphocyte ou autres ….  [...]

[Divers] La Vie sous une forme différente, dans des conditions différentes?

.. Avec le progrès du séquençage (qui a reçu un coup de fouet grâce au projet Génome Humain) de ces génomes, on parvient à extraire de façon automatique ou semi-automatique (dépendant des bases de données), des séquences d'acides aminés correspondants à des protéines (séquences vérifiées par la suite).  [...] En date du 1er février 2012, de ces 86611 protéines dont la structure cristalline est connue, on n'avait analysées les domaines et motifs que de 49219 (56,8%) d'entre elles (voir la base de données SCOP ).  [...]

Le responsable du cheveux bouclé !

Une petite recherche sur UNIPROT (base de données non redondantes de protéines) nous donne la bagatelle de 15 protéines différentes et annotés comme kératine ( HAIR-keratin pour être exact, car il en existe beaucoup d'autres). Je passe sous silence un certain nombre de protéines qui sont associées aux kératines au cours de leur maturation.  [...] Comme cela a été précisé, les cheveux sont formé d'un (super)-assemblage de ces protéines fibrillaires, et la nature (couleur, bouclée/ou non) dépend de cet assemblage. Parmi toutes les isoformes de cette famille de proteines, vous trouverez sûrement de nombreuses différences en terme de composition en cysteine, acide aminé qui permettent la formation de pont di-sulfure entre (et à l'intérieur) de ces protéines.  [...]

Neurofascine

le site pubmed, outre le fait qu'il met en ligne tout les articles scientifiques publiés de par le monde, possède d'autres fonctionnalités telles que OMIM (qui présente l'histoire de la protéine recherchée).  [...] Voici également en complément un lien vers une base de données sur les protéines humaines qui est très complète à mon sens et bien présentée.  [...]

[Biologie Moléculaire] Combien d'enzymes différentes dans le vivant ?

On voit qu'en 2012, sur un total de 18876679 de protéines distinctes connues (base de données UniProt en date du 11 novembre 2012), seulement 86172 structures protéiques ont été déterminées. Mais le nombre de structures connues augmente à un rythme annuel toujours croissant.  [...] On remarquera que ces 135634 domaines correspondent à seulement 49219 protéines de la base de données PDB, soit ~57% de l'étendue des données disponibles.  [...]

[Biochimie] 2D LC : différence Offline vs Online

Dans les articles sur les méthodes d'études des protéines par des systèmes complexes comme LC-ESI-MS/MS, il n'est pas rare que les auteurs couplent leur système à des bases de données en ligne dédiées à des spectres de masse peptidiques. Ainsi, grâce à ce couplage, l'analyse est entièrement automatisée jusqu'au résultat final puisque l'ordinateur collecte le spectre de masse, se connecte à la base de données, compare le profil de fragmentation avec les profils préexistant et identifie la protéine.  [...] Discovery and Verification of Head-and-neck Cancer Biomarkers by Differential Protein Expression Analysis Using iTRAQ Labeling, Multidimensional Liquid Chromatography, and Tandem Mass Spectrometry.  [...]

Différences entre bases de données protéiques

j'aimerai bien savoir quel est la difference entre les trois type de base de donnée swiss-prot (europééne) et PIR (americaine )et PMD (japonaise) et la comparaison qu'on peut extraire.  [...] D'après ce que je viens de lire sur le site de PMD c'est que c'est une base de données sur des mutants de protéines. Chaque protéine mutée entrée dans cette base provient d'une publication où est décrit la mutation.  [...]

[Biologie Moléculaire] Base de données interactions protéine-protéine ?

[Biologie Moléculaire] Base de données interactions protéine-protéine.  [...] Je cherche une base de données regroupant, pour une protéine donnée, tous ses partenaires protéiques répertoriés dans la littérature (toutes techniques confondues, et sans vouloir me taper PubMed à coup de keywords). Les base de données protéiques que je connais ne fournissent pas ce genre d'informations (elles sont axées sur la reconnaissance de domaines/motifsconservés, ou compilent des infos sur une famille de protéine, etc.).  [...]

[Microbiologie] comment produire une toxine bactérienne sans bactérie?

je me demande si il y a une  [...] réponse. ne me dites pas que l'amoxicilline un antibiotique isolé d'un champignon ou d'une bactérie je suis pas sur mais je penche pour le champignon, qu'il est produit exclusivement par ces champignons au fait c'est quoi la structure moléculaire d'un antibiotique existe t il un logiciel freeware de bio-informatique qui présente la structure de n'importe quel protéine il suffirait d'entrer le code amine (je veux dire le code en acide aminé de la protéine ) et qui marche sous windows, je disais il suffirait d'entrer le code amine de la protéine pour qu'il la structure en 3d et même nous donne le code génétique correspondant, en plus chercherais dans les base de données mondiales des gènes ou des références qui possède le même code génétique si c'est pas encore fait ça, je donne gratuitement une idée à un bio-informaticien pour créer ce logiciel.  [...] C'est très généreux de donner votre idée gratuitement, mais ne vous en faites pas, il existe une flopée de logiciels permettant de visualiser la structure 3D des protéines. Je vous encourage à aller faire un tour sur la Protein Data Bank. Cette base de données est la plus complète en matière de structure de protéines.  [...]

[Biochimie] sequençage de novo MS/MS

j'ai une question concernant la spectrometrie de masse pour l'identification des protéines. Lorsqu'on on a un spectre de masse d'un fragment d'une protéine (peptide) on peut de temps en temps le comparer avec une base de données pour trouver la protéine correspondante, mais de plus en plus on effectue un sequençade de novo. C'est ce concept que je n'ai pas bien compris.  [...] Cela signifie que la plupart du temps les protéines recherchées ne sont pas enregistrées dans des bases de données et qu'il est donc nécessaire de déterminer leur séquence.  [...]