• Forum - Banques, Clones, Séquences

[Biologie Moléculaire] Analyse de séquences, phylogénétique

J'ai cloné des produits pcr que j'ai séquencé par la suite. J'ai 4 banques de clones et quelques 200 séquences en tout à moi plus 40 séquences de référence de genbank. Les 4 banques sont pour 4 états différents et le but s'est de comparer la diversité microbienne dans les 4 états.  [...] Pour réduire au max, j'ai traduit en séquences protéiques et regroupé celles qui sont similaires à +97% (tout ça sous Excel). Je me suis retrouvé avec 7 grands groupes de séquences (dans chaque groupe j'ai des représentants des 4 banques de clones) et 62 séquences individuelles (total 69).  [...]

[Biologie Moléculaire] ARN contaminé par de l'ADNgénomique

petit problème de manip.j'extrais de l'ARN végétal afin de réaliser des manip. de RT-PCR. j'utilise pour cela le kit RNeasy de qiagen le problème est que lorsque j'envoie mes clones à séquencer je ne reçois pas des séquences d'ADNc attendues mais des séquences similaires à celles d'ADNgénéomique répertoriées dans les banques.  [...] merci à tous, pour répondre à Yoyo l'actine s'exprime bien dans mes cellules mais sachant que la PCR n'agit que sur les ADN (avec une Taq polymérase classique biensur je ne parle pas de RT) lorsque je lance une PCR avec les amorces de l'actine sur mon ARn je en devrai rien obtenir et pourtant j'ai une bande donc il y à de l'ADN.   [...]

[Biologie Moléculaire] Banques d'ADNc

Pour ce qui est des banques d'ADNg, le principe est quasiment le même. Sauf que cette fois c'est la totalité d'un génome qui est cloné et qu'on ne part pas de l'ARNm comme matérile de départ mais de l'ADN contenu dans n'importe quel tissu. Ce qui veut dire que tous les introns, exons, pseudogènes, ADN intercalaires, séquences promotrices, sont aussi clonés.  [...] Si tu veux cloner un gène avec toutes les séquences inutiles qu'il peut éventuellement comporter tu vas utiliser une banque ADN génomique. Si tu veux uniquement la séquence stricte du gène correspondant à la protéine qui t'interesse, tu vas utiliser une banque d'ADNc.  [...]

[Biologie Moléculaire] Promoteur banque BAC

J'aimerai globalement connaitre la démarche pour récupérer une séquence promotrice d'une banque BAC pour ensuite le cloner dans un vecteur rapporteur et étudier ce promoteur.  [...] Pour cela comment cela fonctionne et comment puis je être sur que les clones contiennent ma séquence promotrice complète.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique du "phage display"

En fait, on va introduire dans le matériel génétique du phage les séquences codant pr les fragments Fab et Fc ou juste Fab d'un Ac spécifique d'une protéine voulue et connue. Le phage va donc exprimer à sa surface l'Ac ou une partie de celui-ci (d'où le terme display ).  [...] Ha Ok.. merci pour ta speedreply... par contre j'arrive pas à comprendre pourquoi on parle de clone dans cette phrase. La taille des banques de Phage Display est de l'ordre de 10^9 clones, ce qui permet de sélectionner des polypeptides de grande affinité.  [...]

[Génétique] Alignement de sequences nucleotidiques

Je veux aligner 10 exons 2 du locus DLA-88 et 10 du locus DQB1 de Canis familiaris. comment faire Ils font a peu pres la meme longueur a 2 ou 3 nucleotides pres et ca me donne des sequences impossible a analyser avec ces blancs.  [...] J'ai effectivement telecharger les sequences sur des banques ou database comme Genbank et EBI mais l'alignement n'etait pas tres reussi pour ces 2 loci.  [...]

[Journal club] Immortalisation et Transformation d'une cellule humaine à partir d'éléments génétiques définis.

A leur époque ce n'était pas possible car des banques de séquences du génome humain complètes n'existaient pas, mais actuellement le mieux serait de séquencer un côté de l'insertion en faisant une marche sur le chromosome et cribler les banques de séquences avec la séquence d'un des deux côtés flanquant l'insert.  [...] Dans la mesure ou ils ont des microcolonies sur agar mou, ne peuvent ils pas partir du postulat 1 cellule donne 1 colonie homogene (comme pour les bacteries) Dans ce cas recuperer la colonie et screener pour le site d'integration devrait etre plus simple non Pour mettre en evidence des sites d'integration d'ilot genomique, j'utilisais classiquement une PCR avec un primer specifique et un primer degenere puis sequence.  [...]

techniques de genetique

Ensuite tu utilises les banques de données comme par exemple celle du NCBI et tu fais du BLAST pour obtenir les séquences les plus proches chez d'autres organismes.  [...] comparaison de séquences un BLAST contre nr (toutes les banques de données) mais il te faut la séquence protéique de ce que tu veux comparer... enfin tout ça si je ne me trompe pas.  [...]

[Génétique] qu'est ce qu'une collection d'EST

en fait c'est très simple. les EST ou express sequence tag sont des petits fragments de séquences exprimées et vu que dans les banques de séquences tu n'as pas d'ARNm mais des ADNc correspondants à ceux-ci, les EST sont tout simplement des petits morceaux de ces ADNc.  [...] Les EST sont utilisés notamment pour localiser de nouveaux gènes dans le génome. A partir d'ARNm, on produit les ADNc. Seules les extrémités 5' et/ou 3' des ADNc sont séquencées. En supposant que le génome soit bien identifié, il suffira d'aligner la séquence avec le génome ou bien d'utiliser la technique FISH afin de déterminer l'emplacement du gène dans l'ADN génomique.  [...]

[Biologie Moléculaire] Principe de la LM-PCR

Tu fait la meme chose avec un autre fluorophore pour l'ADN total non coimmunoprécipté lors de la ChIP et t'hybride le tout sur une puce possédant une banques de séquences intergénique et le tour est jouer.  [...] En effet la LM-PCR n'est pas utilisée que pour le CHIP, c'est une méthode générale pour isoler et amplifier des séquences dont on n'a pas de primers spécifiques.  [...]