• Forum - Banque, Données, Familles, Protéines, Domaines

[Biologie Moléculaire] bioinformatique blastx, Pfam

Pfam est une banque de données répertoriant des familles de protéines identifiées par domaines protéiques. Elle permet de repérer des domaines communs présageant de probables fonctions communes et d'une appartenance à la même famille protéique.  [...] Je ne vois pas vraiment comment vous êtes parvenu à faire une étude de fonction protéique par blastx. Le raccourci est un peu brutal ^_^.  [...]

[Biologie Moléculaire] Dégradation de la cycline D1

Pour l'IP anti-cycline D1, il faut prendre un anticorps anti-cycline D qui a déjà été publié dans une manip d'IP. Après avoir effectué l'IP, on dénature les billes pour récupérer les partenaires qui ont co-immunoprécipité avec la cycline D. Ensuite on passe ces protéines en spectro de masse ou l'on obtient des spectres de fragmentation qu'on peut cribler contre une banque de données de spectres de masse de protéines.  [...] On peut ainsi voir toutes les protéines qui interagissent avec la cycline D. Si une ubiquitine ligase interagit avec la cycline D dans les conditions où on a effectué l'IP, alors un des spectre de masse obtenu correspondra avec le spectre de masse d'une ubiquitine ligase de la banque de données.  [...]

[Biologie Moléculaire] Combien d'enzymes différentes dans le vivant ?

Protein Data Bank (banque de données sur les protéines) qui recense les structures secondaires des protéines et des acides nucléiques avec une résolution inférieure ou égale à 4 angströms.  [...] On remarquera que ces 135634 domaines correspondent à seulement 49219 protéines de la base de données PDB, soit ~57% de l'étendue des données disponibles.  [...]

[Biologie Moléculaire] Protéines se liant à l'ADN???

je recherche un site qui offre une banque de données qui permet de rechercher les proteines qui se lient à l'ADN, que ça soient des facteurs de transcription (FT) ou autres... Il y a Consite mais il offre que des FT, je recherche autre chose du meme style.  [...] Les promoteurs étant des régions de l'ADN fortement modulées par des facteurs trans, cette banque de données te fournira déjà pas mal d'informations sur ce que tu recherche. Promoter database. Cette banque de données est vaste. En plus si tu veux fouiller un promoteur, tu peux aller chercher des régions à -10000 ou plus, c'est énorme.  [...]

sujet pour programmation bio informatique

Là où la bioinformatique intervient, c'est qu'il a 12000 gènes, et qu'il ne peut pas chercher à la main dans une banque de données quelles sont les protéines dont l'activité est connue, et quelle activité, etc. Il faut automatiser cette recherche. Je lui suggéré l'idée suivante (je ne sais pas si ça n'existe pas déjà).  [...] Je me suis par exemple récemment fais un ptit script qui récupère un fichier.csv fabriqué par l'ordinateur à la fin d'une manip par un appareil de mesure, et simplement lancer le script R va analyser lui même le fichier généré, et agir en conséquence pour tracer les bons graphiques, faire les bon test statistiques par lui même (donc avec arbre de décision qui va orienter ce qu'il doit faire des données), detecte le nombre de conditions testées (souvent 2, car control et condition testée, mais parfois plus que deux) et va faire les graphs (et les adapter) en conséquence et ressortir le tout en pdf sans avoir rien de plus a faire qu'un Ctrl+C Ctrl+V.  [...]

[Divers] Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource

Une banque de données peut être séquences protéiques, peut être séquences nucléotidiques, peut être Eucaryotes, peut être uniquement Drosphile,... autant de banques de données que de données.  [...] Ensuite, les systèmes d'interrogation de banques auraient quelle utilité C'est bien beau d'avoir un ensemble avec des données. Mais j'ai une recherche précise. je veux que la banque me sorte une séquence d'acides aminés de telle taille et pas d'une autre, d'un organisme qui est celui-là et pas un autre.  [...]

[Biologie Cellulaire] Restitution de connaissances sur les protéines.

Après avoir présenté la nature des protéines et la manière dont leur structure est déterminée, vous expliquerez en quoi ces molécules occupe une place privilégiée au sein de la cellule.  [...] Pour des exemples de structures de protéines va voir la banque de donnée Protein Data Bank (toute structure nouvellement résolue voit ses coordonnées atomiques déposées dans cette banque).  [...]

[Biochimie] Identifier un gène à partir d'une protéine pure

Je pense que si tu séquences ta protéine, tu dois pouvoir à partir de site internet et de banque de données trouver la séquence nucléotidique.  [...] Peut être y a-t-il possibilité de faire d'autres analyses. gel d'isofocalisation pour déterminer le pI, clivages par des protéases, fluorescence de la protéine.  [...]

[Génétique] Primers design

Je suis nouveau dans le monde de génomique, et je ne sais pas comment designer des amorces pour une pcr, une nested pcr ou sanger sequencing.   [...] Tout d'abord il te faut te familiariser a l'utilisation de banque de données,par exemple NCBI, plus couramment utilisé. Ensuite, je te propose de télécharger SerialCloner et BioEdit qui sont tous deux des logiciels de bioinformatique.  [...]

Les bases constituant les protéines

Ou alors un système MALDI/MS/MS, c'est mieux car au moins les ions sont monochargés donc il n'y a pas à faire le calcul des charges et la conversion du m/z. Et maintenant, on retrouve souvent des systèmes combinés, du style HPLC/MS/MS couplé à un ordinateur et un logiciel en relation avec des banques de données protéiques.  [...] Ca sépare les protéines d'un mélange, ça les fragmente, ca donne le spectre de masse, l'ordi l'interprète et intérroge une banque de donnée pour savoir quelle protéine c'est, si elle est connue.  [...]