• Forum - Banque, Bactéries, Protéines, Surface

[Identification] Bacterial display !

Les bactéries vont exprimer à leur surface des peptides/protéines par fusion avec des protéines bactériennes constituant ainsi une banque de protéines qui va pouvoir être criblée. Cette étape de criblage correspond au biopanning.  [...] J'ai utilisé le terme banque pour dire qu'avec ce système on peut constituer un panel de bactéries exprimant différentes protéines à leur surface.  [...]

[Biologie Moléculaire] Construction d'une banque d'ADNc

La banque est transfecté dans des cellules permettant l'expression des protéines soit à la surface des cellules. Cellules COS par exemple.  [...] La mise en place de cette technique nécessite l'obtention d'ADNc simple brin. Pour cela, nous transformerons des bactéries compétentes avec notre banque d'ADNc. Ensuite, nous surinfecterons ces bactéries par le phage à ADN simple brin M13K07. Nos plasmides d'ADNc contiennent l'origine de réplication de ce phage, donc, quand il se répliquera (en ADN simple brin) nos plasmides d'ADNc seront eux aussi répliqués en ADN simples brins.  [...]

[Biochimie] banque d'ADN

comment fait on une banque d'ADN à partir de phage alors que ceux ci lysent la bactérie pourtant n'est ce pas les bactéries recombinantes qui forment la banque.  [...] Le phage lambda sert de vecteur. Ils portent l'ADN recombinant, vont infectés les bactéries hôtes et se multiplier. Cela permet de constituer une banque de phages clonés.  [...]

[Biologie Cellulaire] Restitution de connaissances sur les protéines.

Après avoir présenté la nature des protéines et la manière dont leur structure est déterminée, vous expliquerez en quoi ces molécules occupe une place privilégiée au sein de la cellule.  [...] Pour des exemples de structures de protéines va voir la banque de donnée Protein Data Bank (toute structure nouvellement résolue voit ses coordonnées atomiques déposées dans cette banque).  [...]

[Génétique] criblage des banques et clonage par marche sur le chromosome

est-ce qu'on peut m'expliquer en quoi consiste le criblage par complémentationen effet j'ai pas bien compris la def suivante. capacité des clones à complémenter une mutation.   [...] La complémentation, par exemple tu as des bactéries mutantes non pathogènes et des bactéries sauvages pathogènes. Tu veux chercher le gène responsable du pouvoir pathogène, pour cela tu créer une banque avec tes bactéries sauvages, ensuite chaque clone obtenue tu les transfectes dans les bactéries non pathogènes.  [...]

Obtention d'anticorps

* Par phage-display = une banque d'ADN (plusieurs millions de séquences codants pour des anticorps tous différents) est transfectée dans des phages, de telle sorte que ceux-ci présentent (=display) les anticorps sur leur capside. On infecte cette banque de phage dans des bactéries (1 bactérie = 1 phage), on induit la formation de phages dans ces bactéries, puis on les teste tous, par FACS ou par ELISA.  [...] Comme les gens qui ont inventé la techniques sont malins, ils ont fait en sorte que si on prend les mêmes phages et qu'on les infecte dans d'autres bactéries, alors celles ci ne produisent plus des phages en masse couplés à l'anticorps... Mais des anticorps solubles, adressé dans le périplasme.  [...]

Hybridations plasmides et sondes

je pense que tes plasmides étaient dans ta boite de pétri initiale dans laquelle il a aussi des bactéries sinon ca sert à rien et que ces plasmides étaient dans ces bactéries et que tu nous présente un protocole d'extraction d'ADN plasmidique.  [...] pour faire court tu construit un acide nucléique qui pourra etre ensuite encapsidé. Le phage est alors mis en présence de bactéries et il agit alors comme tout bon virus en injectant son ADN à l'intérieur de la bactérie qu il rencontre. Il présente l'intéret d'être un système d'injection propre tandis que avec les plasmides c'est un peu plus délicat.  [...]

[Génétique] Les introns en génie génétique

J'aimerai donc simplement savoir comment font-ils en génie génétique pour recréer des protéines grâce à des bactéries malgré les introns présent dans le gène.  [...] Eh bien on utilise un cDNA et pas une banque d'ADNg. Le cDNA proviens d'une transcription inverse de l'ARNm (qui a donc été débarassé des introns). Par contre faire exprimer un gène codant une protéine de venin de serpent chez une bactérie, à quasiment aucune chance de donner une protéine active au final.  [...]

[Biologie Moléculaire] Dégradation de la cycline D1

Pour l'IP anti-cycline D1, il faut prendre un anticorps anti-cycline D qui a déjà été publié dans une manip d'IP. Après avoir effectué l'IP, on dénature les billes pour récupérer les partenaires qui ont co-immunoprécipité avec la cycline D. Ensuite on passe ces protéines en spectro de masse ou l'on obtient des spectres de fragmentation qu'on peut cribler contre une banque de données de spectres de masse de protéines.  [...] On peut ainsi voir toutes les protéines qui interagissent avec la cycline D. Si une ubiquitine ligase interagit avec la cycline D dans les conditions où on a effectué l'IP, alors un des spectre de masse obtenu correspondra avec le spectre de masse d'une ubiquitine ligase de la banque de données.  [...]

Technique du Double Hybride

Je voudrais me renseigner sur la technique du double hybride. Je connais le principe général et son utilité pour connaître le lien et les interactions entre une protéine connue et des protéines inconnues, mais ce que je voudrais en fait ce sont des protocoles et des informations précises et concrètes sur l'utilisation de cette technique.  [...] Il faut que la banque que tu cribles soit representative, cela implique l'analyse de milliers de clones (selon la taille du genome), ensuite si tu cherches par expl a etudier les interactions avec des proteines membranaires la tu est mal, car dans le systeme 2H les proteines sont ciblées dans le noyau (comme l'indiquait igothigh), or une proteine membranaire surexprimée dans le noyau ca risque de s'agreger de de tuer ta cellule.  [...]