• Forum - Bactéries, Gamme, échantillon

[Biologie Moléculaire] Quantification absolue / gamme étalon

J'ai réalisé 3 dilutions différentes du même échantillon, toutes sont couvertes par la gamme étalon. Par contre, pour chacune des dilutions, avec la même gamme étalon, je trouve un résultat différent (après avoir fait les calculs) alors qu'en théorie je devrais trouver au final la même valeur (la seule et unique valeur vraie de mon échantillon).  [...] Il se peut en effet que mon efficacité de PCR soit différente pour la gamme étalon et pour l'échantillon.. L'ADN est extrait de bactéries et ces bactéries sont dans des matrices différentes pour la gamme étalon et pour l'échantillon.  [...]

[Biologie Moléculaire] Utilisation du PMA - qPCR - Courbe étalon

j'ai fais mes manip' pour avoir une gamme étalon avec les cellules vivantes (aliment dopé aussi) et je voulais savoir si je dois avoir une gamme étalon avec un aliment que je ne vais doper qu'avec des bactéries mortes (avec différentes dillution).  [...] j'ai du mal à trouver si des publis ont fais une gamme étalon avec que des bactéries mortes.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR quantitative

Une solution Utiliser ton échantillon pour faire une gamme standard pour vérifier l'efficacité d'amplification, mais dans ce cas tu n'auras bien évidement pas de quantification absolue, tu ne pourras faire que du relatif par rapport à un gène de ménage, sans compter l'augmentation des coûts due au fait que théoriquement il faudrait faire une gamme pour chaque échantillon.  [...] DONC. tout dépend de la précision requise, du type de matrice (ADNc, ADN génomique,...), de l'origine des échantillons (végétal, animal, bactérien) et de la qualité d'extraction des acides nucléiques.  [...]

[Génétique] q PCR: Ct trop variable

Voila comme j'ai beaucoup d'échantillons à tester, au labo, on a décidé de faire les tests de mise en route (amorces - gamme étalon) sur une machine 96 puits.  [...] Du coup j'ai re-testé sur la première machine je retombe sur mes premiers résultats et l'échantillon de gamme pur, qui ne donnait rien, marche de nouveau.  [...]

[Biologie Moléculaire] Plan de plaque, validation de méthode...

S'il s'agit de mesurer l'efficacité de la PCR en fonction du type d'échantillon, j'imagine que vous avez prévu de faire des gammes de concentrations pour chaque. Il est bien intéressant de faire des triplicates (et non des duplicates) pour chaque point (ou par exemple pour un point concentré et un plus dilué) pour déterminer la variabilité intra-expérimentale, de même que plusieurs blancs, par exemple avant et après la manipulation des échantillons d'ADN comme vous avez l'air de le suggérer.  [...] En ce qui concerne l'efficacité de la PCR a proprement dit, je ne vois pas ou vous voulez en venir. Cette efficacité étant dépendante du milieu réactionnel, on pourrait s'attendre à une variation entre les types d'échantillon et c'est peut être cela que vous voulez estimer dans quel but Vous pourrez peut-être voir si la variabilité inter-échantillons est inférieure ou supérieure a la variation intra-expérimentale.  [...]

E.coli dans milieu riche + nacl

Le NaCl induit un stress osmotique, les bactéries doivent alors lutter contre ce stress en utilisant des osmorégulateurs, molécules permettant de mieux lutter contre le milieu hyperosmotique.  [...] Dans un milieu riche constitué d'extraits de levure (yeast extract), les bactéries trouvent de telles molécules protectrices. Elles peuvent donc faire face assez vite. Personnnellement, j'ai eu occasion de travailler dessus mais à partir de milieux mineraux minimums, qui sont par conséquent dépourvus de tels osmorégulateurs.  [...]

PCR et RT-PCR

Comme c'est jamais simple à l'écrit sans couleur etc..., j'ai fait un tableau résumant très brièvement les 2 techniques avec mes connaissances, en espérant qu'ils soit correct.   [...] Dans la PCR quantitative, on va quantifier la quantité d'ADN présent dans un échantillon X en comparant l'intensité de la fluorescence émise par l'échantillon pendant l'amplification aux intensités d'une gamme d'ADN dont on connaît les quantités, amplifiés en parallèle.  [...]

[Biochimie] Spectrophotomètrie : Les différentes technologies...

la longueur d'onde d'émission). Cela permet de quantifier un échantillon capable d'émettre en fluorescence. EX. tu veux quantifier une protéine genre GFP. Tu programmes ton fluo pour qu'il excite a 488nm et tu mesures les photons émis en fluorescence par la GFP a 505nm, proportionnels à la quantité de GFP.  [...] colorimètre. permet de doser un échantillon en fonction de l'absorbance de celui ci pour une couleur de lumière donnée. Par exemple tu as un échantillon vert, tu peux le doser a partir d'une gamme étalon en mesuran son absorbance d'une lumière bleue (obtenue avec des filtres). Surtout utilisé en chimie.  [...]

[Biologie Moléculaire] CT variable

je suis en stage en M2, j'ai comme objectif de mesurer la variabilité de l'expression de certains gènes d'intérêt, pour cela j'ai dessiné des amorces qui ciblent ces gènes dans différentes espèces bactérienne. Je suis entrain de faire la validation des amorces j'ai donc fais une gamme étalon avec 5 différentes dilutions de mon échantillon ( facteur de dilution 2), et de différentes concentrations d'amorces dans le mélange réactionnel.  [...] j'ai eu le contraire sur mes échantillons ( sur les faibles dilutions j'ai eu un ct faible, sur les grande un ct elevé), j'ai eu des je ne comprends rien a ces résultats, je me demande est cela est lié au inhibiteurs.  [...]

[Immunologie] [Immuno]Technique RIA ou Dosage Radioimmunologique

Et ensuite m'expliquer quelles sont les informations qu'on peut tirer d'un tel test sur les caractéristiques des anticorps utilisés ( valence, affinité etc ).   [...] Dans le puits il y a un anticorps contre ta molécule (ex insuline). Tu incubes ton echantillon dessus puis tu ajoutes de l'insuline marquée. Il va se créer un équilibre entre les molécules marquées et non marquées. En dosant la radioactivité du surnageant tu pourras en deduire, grace à une gamme etalon, la concentration de ton echantillon.  [...]