• Forum - Avantage, Enzymes, Séquences

[Biochimie] Manipulation de l'ADN: plasmide

L'avantage de ces enzymes est qu'ils coupent des séquences en acide aminés très spécifiques et forment (souvent) ce qu'on appelle des bouts collants (ils ne coupent pas les doubles-brins nets mais laisse dépasser un des deux brins). L'intérêt de ceci est qu'un bout collant généré par une enzyme de restriction aura tendance à s'attacher à un bout collant généré par la même enzyme.  [...] L'intérêt est de couper ET notre morceau d'ADN d'intérêt ET le plasmide avec le MÊME enzyme de restriction. Ainsi lorsqu'on les mets en présence l'un de l'autre, ils auront tendance à s'attacher et nous permettre de refermer le plasmide nouvellement constitué.  [...]

[Biologie Moléculaire] ligation

Par exemple, lorsque tu fais ta digestion, il est conseillé de faire des témoins négatifs (sans enzymes de restrictions), des témoins positifs (lors d'une double digestion, tu vas faire deux témoins de simple digestion), puis tu vas faire migrer le tout (ton produit de digestion, tes trois témoins) sur des gels d'agarose.  [...] - Soit on clive le vecteur avec deux enzymes de restriction différentes qui génèrent des bouts collants incompatibles. L'insert est clivé avec les même enzymes. Cette méthode a l'avantage d'empêcher la recircularisation du vecteur et favoriser une insertion orientée de l'insert dans le vecteur.  [...]

[Biologie Moléculaire] Ape Software

Au labo on a un imac qui est sous mac os Tiger (10.4) et ape est tout a fait stable, par contre sur mon macbook avec os leopard (10.5) Ape est totalement instable.. J'ai des bugs quand j'essaie d'enregistrer mes sequences, il plante des fois quand j'essaie de l'annoter avec mon fichier de features... enfin bref un vrai calvaire.  [...] Bon l'avantage de Ape c'est qu'on peut faire une banque de séquences, ensuite le soft annote directement tes constructions.  [...]

[Génétique] Réarrangements chromosomiques.

C'est une protéine codée par le gène Spo11 et identifiée grâce à sa similarité de séquence avec une nouvelle famille de topoisomérases découverte chez une archaebactérie. Cette ressemblance si forte entre une enzyme d'archaebactérie, qui ne possède pas d'équivalent chez des bactéries plus communes de type E.  [...] -la première, c'est qu'il existe dans la cellule, des enzymes, nucléases je crois, qui coupent les deux brins de l'ADN... Quel avantage pour la cellule d'avoir des nucléases... pour des réparations de l'ADN ressemblent-elles aux enzymes de restriction.  [...]

sequence de géne

Il existe des bases de données de séquences ADN qui sont en ligne et libre d'accès. Elles collaborent de sorte que toutes les séquences peuvent se retrouver, notamment au lien suivant http.//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ puis faire la requête dans le champ nucleotide du menu déroulant.  [...] il a l'avantage de pouvoir rechercher à partir d'une référence (type NM_000000) sans qu'on n'ai besoin de manipuler des séquences entières.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR récalcitrante

Etant donné que ce ne sont pas les mêmes enzymes, les mêmes conditions de réaction, je vois mal l'avantage à faire des dizaines d'optimisations pour finalement tout changer ensuite.  [...] Pour rebondir sur les propos de TanguyE, attention avec la dreamTAq (qui est une enzyme qui n'a pas d'activité correctrice) tu as toutes les chances de créer des erreurs dans ton fragment PCR (quand tu l'auras amplifié). Du coup tu risques de galérer pour obtenir un clone avec ton gène sans erreur.  [...]

[Biochimie] Taq polymerase

C'est aussi qu'a 25C la reaction commence (mais pas dans les bonnes conditions). Ce que tu veux c'est que ta reaction commence quand tous tes composants sont la. Par exemple, pas mal d'enzymes ont une activitee exonuclease en absence de dNTP. Il peut aussi y avoir des hybridations non specifiques etc.  [...] C'est pour cela qu'il est preconise de travailler dans la glace. Maintenant il y a des enzymes qui ne s'activent que apres passage a 95C pour quelques minutes. L'avantage c'est que tu peux preparer ton mix a 25C.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage - Page 2

Ben tu élargis pour une 1ère PCR ensuite tu fais une seconde PCR sur ce 1er produit. L'avantage c'est que tu amplifies ta zone d'intérêt sans avoir les contraintes de sa séquences (tu parlais d'une haute teneur en GC par exemple).  [...] Dommage que tu ne puisses pas nous mettre ta séquence, peut-être que tes séquences riches en GC forment un hairpin qui fait sauter la polymérase lors de la PCR. Pour le DMSO, tu n'as peut-être pas assez pousser la concentration. Dans cette discussion ou une autre, Yoyo conseillais 10% DMSO, et autre chose dont j'ai oublié le nom, tu devrais peut-être essayer cela. J'essaye de retrouver son post.  [...]

les ROS

Il y a un organite dans la cellule qui est spécialisé dans la détoxification des ROS. le peroxysome. Cet organite est bourré de plusieurs enzymes détoxifiantes dont deux qui sont cruciales. la SOD (superoxyde dismutase) et la catalase. La première dégrade l'ion superoxyde, la deuxième dégrade le peroxyde d'hydrogène (H202 ou eau oxygénée sous le nom commercial).  [...] Mais l'oxygène en lui-même est un puissant oxydant ce qui n'est pas terrible pour les systèmes biologiques. En effet, les organismes ne possédant pas l'une de ces deux enzymes sont tués par l'oxygène et sont donc anaérobie strict. En revanche, les organismes ayant développé ces enzymes ont pu bénéficier de l'oxygène comme accepteur final d'électron, ce qui est un réel avantage pour la récupération d'énergie par les oxydations phosphorylantes. Bon allez j'arrête car je dérive là.  [...]

microsatellites....qu'est ce que c'est ???

Ils sont très souvent utilisés pour les tests de paternités dans la police scientifique ou autre et également pour l'identification de locus morbides (=région du génome contenant le gène muté responsable d'une maladie génétique). L'immense avantage de ces marqueurs est qu'ils sont bordés par des séquences uniques.  [...] Par exemple, un individu aura (CA)134 et (CA)140 donc ça veut dire que sur unchromosome CA sera répété 134 fois et sur l'autre chromosome CA sera répété 140 fois... Mais tu peux avoir d'autres personnes qui sont (CA)132 et (CA)143 par exemple... Donc lorsque tu fais migrer ces séquences amplifiées par PCR (grace aux régions flanquantes), plus tu vas avoir de répétition, moins ton amplicon migrera loin sur ton gel comme dans une électrophorèse classique (le CA134 sera en dessous du CA140 sur le gel, etc.  [...]