• Forum - ARN, Séquence, Cible

miRNA

J ai commandé des miRNA dont la séquence cible correspond donc au brin qui ne sera pas transcrit. Mais sachant que le miRNA est double brin est ce que quand meme un des deux brins pourra se fixer sur ma sequence cible En bref lorsqu on a un miRNA les deux brins peuvent interferer avec un ARN ou seulement un seul est amener à l ARN.  [...] En théorie, le siRNA serait capable d'inhiber une séquence complémentaire. Le problème avec ta construction, c'est que la séquence peptidique de ton produit sera totalement différente de ta protéine (si j'ai bien compris tes explications). Je sais pas trop ce que tu comptes faire avec ta construction mais pour des études fonctionnelles par exemple, ça me parait mort.  [...]

[Biochimie] Synthese des proteines

Les ARN messager de telles protéines portent une séquence cible qui indique qu'elle est destinée à être sécrétée, elle est donc traduite par les ribo du REG et insérée à l'intérieur du REG en même temps.  [...] J'ajouterais, que le passage de golgi à la membrane plasmique n'est pas systématique, et loin de là. Souvent, des séquences d'adressage en C-term (comme KDEL) permettent le réadressage vers le REG, apres la O-glycosylation de golgi.  [...]

short hairpin RNA

Je suis pas un specialiste des shRNAs mais apres une recherche rapide sur le net il semble que le mecanisme d'action soit identique aux siRNA. La difference est dans la structure secondaire de l arn. Le shRNA est un arn simple brin qui forme une tige boucle(comme tu peux voir ici.  [...] qui est une structure tres bien exporte du noyau (reconnu par une exportine). Une fois dans le cytoplasme la tige boucle est reconnue et clivée par une RNAse (dicer) qui enleve la boucle et la tu te retrouve avec un arn double brin (un siRNA en gros) avec une sequence complementaire a sa cible.  [...]

[Biologie Moléculaire] Purification des ARNm procaryote ?

je sais que pour faire ce genre d'application il faut extraire les ARN totaux puis en purifier les ARNm apres passage sur une colonne d'oligo-dt qui va accrocher les ARNm grace a leur queue poly-A puis amplifier notre sequence cible en utilisant des primer specifiques.  [...] Il existe un kit chez ambion qui te permet de purifier les ARNm a partir des ARN totaux chez les bacteries. Ca marche plutot bien. Le principe c'est du pull down de tes ARN 16S - 23S via des sequences complementaires fixees sur des billes magnetiques.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème bande inconnue PCR

Merci pour vos réponses, et non malheureusement je ne peut pas découper et envoyer à séquencer, mon stage étant terminé, je n'ai pu envoyer à séquencer seulement mes bandes de DGGE.  [...] Concernant ces bandes de poids moléculaire élevé correspondant pas à l'amplicon, je pensais à une hybridation aspécifique, car les amorces 518r et 338f sont spécifique d'une séquenc de l'ARNr 16s qui est présentent chez toutes les bactéries, mais peut-être qu'une autre séquence présente des analogie avec cette séquence, et cela expliquerais la faible intensité (car séquence moins spécifique de celle ciblé).  [...]

[Biologie Moléculaire] miRNA (ou microARN) - Page 2

En plus il faut savoir que le mécanisme du RNAi ne marche pas pareil chez toutes les espèces (vs. C elegans). Chez la droso. par ex., l'interférence ne se propage pas de celulles en celulles, et ne s étend pas tout le long de l'ARN cible (il semble que l'ARN pol.  [...] Chez la droso. par ex., l'interférence ne se propage pas de celulles en celulles, et ne s étend pas tout le long de l'ARN cible (il semble que l'ARN pol. dépendante de l'ARN soit absente).  [...]

[Biologie Moléculaire] augmentation du taux d'ARN mais non celui de la protéine

un siRNA de ce gène me semble nécessaire pour déterminer la présence de la protéine si on constate une diminution du taux d'ARN d'un autre gène sous le contrôle du premier gène cible.  [...] Je viens de parcourir le topic rapidement. Au vu des différentes réactions que tu as (taux d'ARN augmenté, IHC OK et WB rien), ilo me semble que cela vienne de la dénaturation de ta protéine en WB. Ton anticorps primaire est-il un anticorps dirigé contre la séquence de ta protéine d'intérêt ou un anticorps séquentiel.  [...]

ARN interférants: différence entre pARNi et miARN et fonctionnement de ce dernier

De plus, le miARN est capable de s'apparier à une séquence d'ARNm. s'il y a complémentarité partielle alors ceci entraîne une répression traducionnelle et s'il ya complémentarité parfaite ceci entraîne le clivage de l'ARNm. Je ne comprends pas les deux termes de répression et clivage.  [...] Quelle que soit la destinée du transcrit, il faut une complémentarité parfaire entre la seed region du miARN (7 nucléotides en 5') et sa séquence cible. Je ne suis pas certain que les mécanismes moléculaires conduisant à une répression ou à un clivage soient parfaitement connus, car ils impliquent un grand nombre de facteurs protéiques et ça dépend probablement du contexte (exemple avec les ARNpi).  [...]

[Génétique] Démonstration du role d'un miRNA in-vivo

En effet étudier l'effet d'un miRNA sur un mRNA donné ce n'est pas simple, pour toutes les raisons qui ont été évoquées. Muter le miRNA comme on le ferait pour un siRNA ne me semble pas judicieux car la particularité des miRNAs est justement d'avoir des mésappariements avec la séquence cible.  [...] 3. valider ta séquence cible en clonant le 3'UTR de ton gène dans un reporter luciferase que tu transfectes avec ton miRNA d'une part et des miRNAs contrôles d'autre part, et tu valides ta cible dans ton 3'UTR en mesurant l'activité luciferase.  [...]

[Biologie Moléculaire] shRNA

Sinon je sais qu'il existe des programmes en ligne qui te proposent en fonction de la séquence de ton ARNm des séquences siRNA en tenant compte de tout un nombre de critères mais malheureusement je n'ai pas en mémoire lesquels... Dans ce cas il faut que tu testes 3 séquences différentes contre ta cible pour t'assurer que l'une au moins va fonctionner.  [...] Pour faire un shRNA tu construis ton oligoN°1 en mettant. site restriction-séquence siRNA-TTCAAGAGA(boucle)-séquence siRNA à l'envers -site restriction (je te renvoie à l'article suivant.  [...]