• Forum - Analyse, ADN, ARN

[Biologie Moléculaire] Techniques de la mise en évidence de l'ADN et l'ARN

Bonjour, si par mise en évidence tu entends révélation on utilise par exemple le BrdU (Bromodesoxy uridine), qui est analogue à la thymidine est qui s'incorpore à l'ADN en cours de réplication, l'ADN devient visible de couleur jaune/orange.  [...] Après en ce qui concerne l'analyse d'ADN ou ARN (détermination de la taille, concentration ou détection de la présence d'un ADN connu) on peut utiliser.  [...]

[Génétique] caryotype

Un caryotype c'est l'analyse du génome (donc ADN) et non du transcriptome (ARN).  [...] Les hématies n'ont pas de noyau donc pas d'ADN donc pas de chromosome et donc pas de caryotype possible. Les ovules et spermatozoide possèdent bien entendu des chromosomes mais seulement 23, et pas 46 comme toutes les cellules somatiques.  [...]

[Divers] Notion d'espèce

Maintenant avec l'analyse des acides nucléiques (ADN et ARN), on peut mesurer de manière objective la distance phylogénétique séparant 2 individus. Par exemple 2 individus dont les séquences des gènes des ARN 16S sont identiques à 99,99%. très proches. 98%.  [...] Ainsi, des transposons peuvent être utilisés dans des séquences de régulation des gènes, et certains transposons sont des relicats de virus (à ce sujet, les virus sont beaucoup plus spécialisés dans l'insertion d'ADN que les bactéries).  [...]

NanoDrop vs Qubit : quelles valeurs utiliser?

J'ai bien compris que le NanoDrop surestime la concentration en ADN, puisque l'ARN absorbe à la même longueur d'onde, raison pour laquelle une analyse au Qubit est indispensable.  [...] Je ne suis pas sur de comprendre ce qu'ils entendent par DNA yield, ni l'intérêt de donner les valeurs de concentrations fournies par le NanoDrop, alors qu'ils ont réalisé une mesure au Qubit...Je pourrais comprendre que l'on fasse le rapport Qubit/NanoDrop, pour déterminer la proportion d'ADN de bonne qualité, mais ça ne semble pas être le cas.  [...]

[Biologie Moléculaire] Nettoyage d'ARNs & Transfert de protéines

Merci pour les infos. Moi j'analyse les arn et les protéines mais pour cela je réalise un prélèvement pour chaque. Je sais qu'il existe un kit pour extraire l'ADN et les protéines de chez Qiagen (bien qu'on m'ait dit que les axtractions étaient moins bonnes que si elles étaient séparées) mais concernant l'ARN je ne sais pas.  [...] Je me doute que la qualité de l'ARN ne change pas que tu récupère ou non les protéines avec le Rneasy kit Qiagen puisque'à la base c'est un kit optimiser pour extraire l'ARN. Je parlais d'autres kits. Moi je n'extrait pas mon ARN le jour du prélèvement, je le congèle après l'avoir mis dans du RNA later c'est pour cela que je ne peux pas récupérer les protéines par la suite. Ce n'est pas compatible.  [...]

rDNA ou rRNA?

En fait la transcription de cet ADNr est speciale, parce que deja il est repete en tandem, cad qu'il y a un nombre particulierement eleve de repetitions de la sequence qui est transcrite en ARNr. Et cette transcription se fait a grande vitesse, donc il y a plusieurs ARN polymerases (les enzymes ki fabriquent l'ARN a partir de l'ADN) qui transcrivent en meme temps sur l'ADN.  [...] Donc je disais que lors des phylogenies, on peut aussi bien utiliser l'ARNr que l'ADNr, puisque l'ARN qui est synthesise ne subit que peu de modifications et est donc presque identique a l'ADNr. L'analyse de l'un ou de l'autre est donc similaire, mais il est tjrs plus difficile de travailler avec des ARN qu'avec des ADN, donc ce genre de phylogenie est realisee la plupart du temps a partir des ADNr.  [...]

[Génétique] Extraction, purification et analyse d'ARN (Nanodrop et bioanalyser)

La technique utilise l'absorbance de l'ARN, l'ADN et autre molécules à certaines longueurs d'onde ciblées... Que puis-je dire là-dessus Que pouvez-vous dire sur les ratios 260/280 et 260/230 Mon analyse me renseigne sur la concentration (en ARN), l'absorbance à 280 et 260 et les deux ratios.  [...] Je viens vous présenter de nouvelles questions, au sujet de manipulations que nous avons faites juste après avoir extrait, purifié et analysé notre ARN (voir premier post).  [...]

diagnostic prénatal technique

L'avenir est sûrement dans le séquençage haut débit de l'ADN/ARN qui peut traiter un un génome humain en quelque jours mais après, la quantité de données énorme générée demande un certain temps d'analyse. En plus, tout n'est pas connu sur les maladies génétiques (maladies orphelines, maladies multifactorielles impliquant plusieurs gênes,  [...] Pour les maladies orphelines, la puce à ADN sera d'abord utilisé (beaucoup moins cher que le séquençage haut débit, plus rapide aussi, surtout en terme d'analyse). Comme comparaison, une puce à ADN permet en deux jours d'avoir le niveau d'expression de 30000 gènes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Température de fusion

Voici ce que dit internet (traduit de l'anglais). les nucléotides LNA sont des analogues d'acide nucléique contenant un pont méthylène entre l'hydroxyle en position 2 et l'atome de carbone 4 du sucre confèrant la conformation idéale pour l'hybridation. Cela a pour conséquence que les LNA présentent une grande stabilité thermique lorsqu'elle est hybridée à un brin d'ADN ou d'ARN complémentaire.  [...] Sa conformation fait que la température de fusion Tm augmente de 5°C par nucléotide LNA.  [...] Les petites tailles des microARN les rendent difficiles à analyser à l'aide des méthodes traditionnelles de qPCR. L'utilisation de l'ADN ou des technologies à base d'ARN pour l'analyse des microARN peut introduire une incertitude élevée et une faible robustesse car la température de fusion (Tm) du duplex oligonucléotide/microRNA varie considérablement en fonction de la teneur en GC.  [...]

Problème de biologie moléculaire

C'est quand même assez étrange de donner ce genre d'exercice en 2016. Désormais quand on connait le gène en question, on commence par une analyse bioinfo pour déterminer la famille de protéines à laquelle elle appartient, si il y a des motifs d'interaction à l'ADN, ou à l'ARN.  [...] déjà voir si la séquence ressemble a quelque chose de connu (il n'y a pas 1000 façons pour une protéine de se lier à l'ADN, et ça on peut le reconnaitre), si elle a des domaines d'interaction avec des protéines connues, et pour compléter, IP, dépôt des protéines sur gel et analyse spectro de masse (en qq jours vous pouvez connaitre toutes les protéines qui interagissent avec votre cible) et/ou Chip-seq (ça reste un peu délicat et cher mais ça ratisse large et c'est très informatif).  [...]