• Forum - Amorces, Produits, Amplification

[Biologie Moléculaire] Détection d'une protéine

j'ai ensuite séquencé mes produits d'amplification (amorces dessinées spécifiquement en 5' et 3' de mon insert) pour vérifier que mon insert était correct et surtout entier. Et là, problème ma protéine est tronquée de 4nulcéotides... (sans doute dû à une mauvaise hybridation de mon amorces et donc mauvaise amplification.  [...] Sinon ce ne sont pas tes oligos qui se sont mal appariés, mais la synthese de ceux-ci qui n'est jamais parfaite. Du coup tu te trimballes des oligos imparfaits et de temps en temps manque de bol ce sont eux qui amplifient. (mon record c'est 9 bases en moins sur un oligo purifiés pourtant.).   [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de PCR

Bonjour, pour un travail j'ai besoin de savoir 8 raisons qui justifient une très faible quantité de produits PCR après amplification et 3 raisons qui expliqueraient des produits d'amplification multiples ou non spécifiques.  [...] J'ai oublié (mais mes énumérations ne sont pas exhaustives.). si la température d'hybridation des amorces est trop basse ( = stringence diminuée), l'amplification est moins spécifique aussi.  [...]

bandes non spécifiques

j'ai fait une PCR pour amplifier les microsatellites. mais sur le gel mon encadreur m'a dit qu'il ya des bandes noin spécifiques. s'il vous plait qu'est ce que ce la veut dire.   [...] c'est des produits de PCR qui ne sont pas issus de l'amplification de ta cible, par exemple si la température d'hybridation est trop basse par rapport au Tm des amorces.  [...]

PCR, template et riz anti-alzheimer

2) Lors de la PCR, compte tenu des amorces, est-ce qu'on amplifie l'intégralité du gène APP ou juste ce qu'il y a entre les amorces, à savoir AB Pour moi, comme il y a dissociation des brin d'ADN, rien ne s'oppose à la réplication complète des deux brins... je me trompe.  [...] tu verras qu'il y a plusieurs sortes de produit d'amplification. il y a effectivement des produits très longs mais en raison de la taille des cycles et du fait qu'ils ne sont pas majoritaires, on considère que le produit d'une PCR est un brin qui fait la taille de ce qu'il y a entre les deux amorces.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR positive puis négative

Tout est dans le titre, je travaille sur l'identification de gènes plasmidiques impliqués dans les résistances bactériennes, les gènes QNR chez les entérobactéries.   [...] Si avec les gènes Qnr A et S, je n'ai aucun problèmes, les PCR destinés à mettre ne évidence QnrB me donne des résultats assez déroutants. Lors de ma première série de PCR, j'ai pu identifier un quarantaine de souches positives après dépôts sur agarose. Les produits d'amplification positif sont ensuite purifiés par exo-sap pour un séquençage du gène, avec les même amorces que celles utilisé pour la première PCR.  [...]

[Biologie Moléculaire] Amplification PCR

En dehors de ça, ce n'est pas la peine de se prendre autant la tête pour un témoin négatif (sauf s'il t'est demandé). Pour être sûr de la validité de ton amplification, tu peux réaliser une PCR emboîtée avec des amorces spécifiques de ton gène. Ainsi si c'est du non spé, tu n'auras aucune amplification sur le produit de la réaction de PCR précédente.  [...] La PCR emboîtée utilise comme matrice le produit d'une première PCR et des amorces hybridant en 3' des amorces utilisées pour la première PCR. Ainsi tu augmente la spécificité de l'amplification puisque tu forces le système d'amplification a être spécifique de ton gène.  [...]

Pcr

- Des amorces peuvent être en AMONT et AVAL de la séquence à amplifier.  [...] Pas forcément mais en principe le produit d'amplification obtenu avec ces amorces sera plus court que celui obtenu avec les amorces externes. Je chipote peut-être mais au moins il n'y a pas de confusion possible.  [...]

[Biologie Moléculaire] Questions relatives à la PCR

Merci pour vos réponses. J'avoue ne pas avoir été très clair dans mes propos, mais ma seule question était de savoir ce qui peut expliquer une très faible quantité de produits PCR après amplification. Je crois maintenant connaitre quelques raisons.  [...] Simplement pour vous expliquer le protocole. je devais d'Abord isoler l'ADN de quelques potes (et moins potes héhé) à partir de cellules buccales. J'utilisais ensuite du chelex pour absorber les produits de lyse cellulaire pouvant inerférer avec le processus d'amplification du PCR.  [...]

[Biologie Moléculaire] méthodes d'identification bacteriennes

[Biologie Moléculaire] méthodes d'identification bacteriennes.   [...] Je suis à la recherche d'idées par identifier la présence ou l'absence d'une bactérie Burkholderia fungorum dans un produit contenant plusieurs espèces bactériennes différentes. je n'est pour le moment pas d'amorces spécifique, je souhaite trouver une méthodes de détection qui peuvent être réaliser en routine, j'ai pensé à faire des amorces spécifiques et une amplification PCR ou des mini array.  [...]

[Microbiologie] Amplification d'un gène par PCR : choix des amorces

Je dois choisir les amorces Forward et Reverse pour amplifier la totalité du gène GAI (1500pdb) dont les codons initiateur et stop sont respectivement, ATG et TAG (soulignés dans la séquence).  [...] Voici la séquence. les deux amorces à utiliser doivent faire 20 nucléotides et le fragment amplifié doit être le plus court possible tout en contenant le codon initiateur et le codon stop.  [...]