• Forum - Amorces, ADN, Extrait, Sol

métagénomique, bio informatique et electrophorese DGGE

Je m'explique.. Nous avons réalisé une PCR sur nos échantillons de terre avec des amorces trouvé dans une revu scientifique correspondant en tout point à notre sujet, le problème étant qu'en attendant de pouvoir faire la DGGE ma maitre de stage m'a demandé de vérifier grace au site du NCBI et en faisant un blast que les séquences d'amorce matchaient bien avec les séquence ARNr 16s de bactérie présente généralement dans le sable et suceptible de sortir lors de la DGGE et d'en déduire leur taille. Cependant aucune ne matche correctement.  [...] ces amorces sont censé se positionner sur l'adn extrait du sol que l'on étudie lors de la pcr afin d'amplifier une partie du gène, cette partie amplifier va alors subir une dgge qui va nous permettre de séparer les differentes bactéries pésente dans chaque échantillon de sol.  [...]

Problème de PCRs

Peut être certaine personne ont rencontré le même problème que moi et pourront m'aider. Je travaille sur de l'ADN environnemental extrait avec le kit DNA plant mini kit de Qiagen. Sur cet ADN je voudrais amplifider le 16s/18s et ITS. Pour le 16s j'ai utilisé les amorces 16s8f (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') et 16s1541r (5'-AAGGAGGTGATCCAGCCGCA*-3') et pour ITS.  [...] Il pourrait s'agir d'inhibiteur autres (pipette, paillasse), je ne sais pas trop. AU départ je soupconnais la Taq de n'être pas aassez robuste donc maintenant je prends la taq platinum de invitrogen mais j'ai toujours ces problèmes. La première PCR semble marcher mais les autres ensuite ne marche plus.   [...]

[Génétique] Diagnostic mutation autosomique récessive

l'ADN du patient est extrait à partir d'un prélèvement de sang veineux. La séquence du gène CFTR étant connue, il est possible de synthétiser deux amorces oligonucléotidiques de part et d'autre de la région de l'exon 10 où se trouve potentiellement la mutation F508del.  [...] J'espère être clair, je sais bien que mon histoire d'ADN paternel et maternel n'est pas trés parlant, si vous ne voyez pas où je veux en venir je tenterai de m'expliquer de meilleur manière.  [...]

[Biologie Moléculaire] pb migration ADNg sur gel

J'ai un petit souci. Je fais actuellement des extraction d'ADN génomique de Fusarium et Geotrichum en culture. Par la suite je dose au spectro, puis je fais migrer sur gel d'agarose.  [...] Dans le cadre d'un projet, nous avons extrait de l'ADN d'un sol avec un kit d'extraction puis nous avons amplifier un gène spécifique à l'aide d'une PCR et enfin nous avons fait migrer les produits de PCR sur gel d'agarose avec plusieurs concentrations.  [...]

mix pcr

oui c'est vrai, j'ai essayé d'ajouter un mix à mon extrait de pcr et de relancer, il semble qu'une amplification a eu lieu cette fois ci, j'ai une concentration de 2600ng/µl et un rapport 260/280 de 1.6, cependant j'ai un doute est ce que c'est mon adn qui a été amplifier ou bien c le produit de mes propres amorces.  [...] Tu as probablement raison. Mais vu la concentration élevée, tu peux avant faire une migration du produit PCR sur gel (d'agarose), afin de confirmer la taille (seulement si la taille de ton fragment amplifié est bien supérieur à celle de tes amorces - 5/10 fois minimum).  [...]

[Biologie Moléculaire] Fragment attendu pour électrophorèse d'ADN

[Biologie Moléculaire] Fragment attendu pour électrophorèse d'ADN.  [...] Actuellement en projet de recherche sur Staph aureus, nous avons extrait l'ADN de la bactérie, puis nous l'avons amplifié par PCR. Nous avons utilisé les amorces NucAF et NucAR. Nous attendions un fragment de 180 pb spécifique à Staph aureus. Lors de la lecture du gel d'agarose de l'électrophorèse nous avons bien eu des fragments mais ils ne sont pas de 180pb mais d'environ 270-300 pb.  [...]

[Biotechnologie] Principe de la PCR

être de l'ADN génomique que de l'ADN complémentaire obtenu par RT-PCR à partir d'un extrait d'ARN messagers (ARN poly-A), ou encore de.  [...] Pour parvenir à amplifier sélectivement des séquences nucléotidiques à partir d'un extrait d'ADN par PCR, il est indispensable de disposer d'au.  [...]

[Identification] Extraction d'ADN

NaCl et le détergent ont plutôt un rôle dans les phases d'extraction de l'ADN mais ça m'étonnerait que l'exercice te demande de donner leurs rôles.  [...] Puis, j'avais pensé aussi à la paroi de la cellule végétale. il devrait y avoir plasmolyse (la paroi éclate et donc les molécules, dont l'ADN sont libérées en-dehors de la cellule).  [...]

[Biologie Moléculaire] Bandes d'ADN non amplifié??

NB. il ne s'agit pas d'une erreure de manipulation, ces résultats étant confirmés par plusieurs essais.   [...] Merci d'abord pour ta réponse, c'est vrai que l'amorce est incompatible, c'est une possibilité, c'était une RAPD, il s'agit d'ADN total extrait, et le problème c que d'autres souches sont négatives sans monter cette bande d'ADN.  [...]

[Biochimie] La Replication de l'ADN durant l'Interphase

- Après le temps d'un cycle cellulaire, la densité d'ADN est de 1.717. Soit la moyenne entre les bactéries du milieu 15N ( d= 1.724 ) et les bactéries du milieu 14N ( d=1.1710 ). c'est un ADN hybride, composé d'un brin lourd et d'un brin léger.  [...] Non, les bactéries ne sont pas modifiées, simplement on extrait leur ADN et c'est lui qu'on soumet à une ultra-centrifugation (en fait c'est une ultra-centrifugation dans une solution contenant un gradient de césium, mais c'est un détail à ton niveau). Donc on parle de la densité de l'ADN, pas des bactéries.  [...]