• Forum - Alignement, Protéine, Structure, ATP

[Biologie Moléculaire] structure de Na+ ATPAse porcine

bon voila j'ai la structure de l'ATP et j'ai la sequence en acides aminés de Na+ ATPAse et je voulais savoir l'interaction entre ces 2 comment ce fait liaison électrostatique ou autres.  [...] Un simple alignement de séquence n'est pas suffisant pour déterminer comment se fait l'interaction. Ca se passera très probablement dans les régions les plus conservées comme les hélices 2 et 4 mais tu as besoin de plus d'infos pour aller plus loin. Un alignement avec une autre protéine dont la structure 3D en présence d'ADP/ATP peut indiquer quelles aa se lient à l'ATP et comment, il y a également la possibilité de muter les résidus conservés et de regarder ce qui se passe (moyennant toutes les précautions habituelles en terme de repliement notamment).  [...]

Criblage virtuel et "docking"

je connais un bon logiciel d'alignement de structure, il s'appelle SPDBV (Swiss-Prot DataBase Viewer). Les alignements peuvent se faire par domaines, avec l'angle magique, tu peux aligner autant de protéines que tu veux à conditions quelles soient structuralement proches évidemment.  [...] Pour l'alignement j'arrive a le faire sur Pymol donc pas de probleme, mais merci quand meme. Le docking c'est la modelisation des interactions entre de petites molecules et une proteine cible. ca permet par exemple de trouver des drogues pouvant potentiellement bloquer l'activité d'une proteine car cette molecule se fixerait au site actif de la proteine.  [...]

Questions de biochimie

Déduire un domaine transmembranaire d'une séquence primaire est assez difficile, la seule chose possible à l'heure actuelle est via un alignement de séquence des structures primaires entre ta protéine inconnue et une protéine connue et cristallisée dont on a défini un domaine transmembranaire.  [...] Sur base d'une homologie de séquence on en déduit une homologie de structure. Sinon les modélisations actuelles ne permettent pas encore d'estimer la configuration d'une protéine à partir de sa séquence primaire... on en approche depuis qu'on utilise des algorithmes liés à la physique quantique mais on en est encore loin.  [...]

Alignement séquence (Bioinformatique)

Dans notre labo, nous avons commencé à faire du séquencage de protéines. Nous recevons les données et nous les alignons avec une séquence de référence dans NCBI pour savoir si notre protéine est bien présente dans notre plasmide. Le séquencage n'est jamais parfait alors, lorsque je fais ces alignement jobtiens pleins de fragment des séquences homologue.  [...] Salut, oui il y a notre protéine que nous avons transfecté dans un plasmide. Nous l'avons verifier par blast avec la sequence de cette protéine de NCBI (reference). Et nous obtenons pleins de petits fragments d'alignement, ce qui est normal puisque lors du séquencage le logiciel fait pleins d'erreurs et donc l'alignement ce fait moins bien, ce qui crée ces fragments.  [...]

hybridisation in situ et immunomarquage

Je pense que pour l'immunomarquage c'est plus simple que j'utilise un anticorps lié à un fluorochrome qui reconnait directement ma proteine. Mais quand est-ce que je place mon embryon dans la solution qui contient cet anticorps.  [...] Tout depend ce que tu cherches a faire. Si ta proteine n'est pas trop grosse, tu peux essayer de la produire entiere et de l'injecter au lapin entiere. Sinon, elle doit bien faire partie d'une famille de proteine. Si tu veux un anticorps specifique de ta proteine, tu fais un alignement et tu choisis un peptide divergent.  [...]

[Biologie Moléculaire] RT PCR plusieurs transcrits, un seul couple d'amorces?

Je n'arrive pas à comprendre ceci. comment peut on conclure quelquechose si on n'est ni exhaustive au niveau des amorces, ni restrictif...est ce cela ne biaiserait pas les résultats dois t on choisir d'amplifier uniquement un.   [...] Je te suggère de travailler avec la séquence du gène codant pour la protéine, tu prends la séquence nucléotidique alors, c'est mieux que de travailler avec une séquence protéique. si tu as plusieurs plusieurs séquences nucléotidiques du gène codant pour ta protéine, l'idéal est de faire un alignement multiple de ces séquences, et ressortir une séquence consensus (la région 100% identique), à partir de cette nouvelle séquence, tu pourra faire ton design d'amorces.  [...]

[Biochimie] pseudogènes

Comment le reconnait-on Alors admettons que tu connaisses la séquence d'un gène codant pour une protéine connue. admettons, l'albumine. Si tu recherches cette même séquence ailleurs dans le génome de l'organisme considéré (c'est-à-dire que tu procèdes à un alignement) et que tu la retrouves mais avec des mutations, il est possible que ce soit un pseudogène.  [...] Par contre, problème. tu m'écris dans ta réponse étant donné que le pseudogène n'est pas transcris... alors que tu parlais de codons STOP dans ta question initiale. Si une séquence n'est pas transcrite, il n'y a pas d'ARN (messager si on prend l'exemple d'un gène qui devrait coder une protéine), donc pas d'histoire de codon STOP.  [...]

[phylogénie]homologie domaines molécule chordin

ou comme vous dites, cela n'affecte pas la fonction de la protéine, mais cela je ne le déduis pas de l alignement de mes séquences.  [...] oui bien sur, mais on pourrait imaginer que ces sequences conservées correspondent à des analogies entre protéines, pas forcement des homologies comme lorsque l'on fait un alignement local, on peut trouver beaucoup de séquences similaires sans pour autant en déduire que les molécules le sont ( région analogues, de faible complexité, paramètres de l'algorithme, pénalités, filtres..), non.  [...]

[Evolution] [Proteomique] Logiciel d'alignement de sequences proteiques

Je suis a la recherche d'un logiciel type Clustal pour realiser des alignements de sequences d'acides amines dans le but de tracer des arbres evolutifs. Malheureusement les sequences que je possede sont en txt et pas en FASTA ou autre.  [...] Dans le pire des cas, tu peux toi-même transformer tes séquences en Fasta, il suffit pour cela d'ajouter sur la première ligne le signe. suivi de ce que tu veux et ta séquences doit débuter sur la ligne suivante.   [...]

[Biologie Moléculaire] Kalign

Voilà mon problème, je n'utilise plus le logiciel d'alignement de séquences Kalign depuis quelques temps et je ne me souviens plus comment on fait. J'ai une dizaine de séquence sous format fasta que je voudrais aligner mais quand je les rentre dans le programme d'alignement de séquences protéiques il m'affiche ce message d'erreur.  [...] Je ne connais pas Kalign en particulier, mais il doit réagir à peu près comme les autres. Vérifie que tu as bien ton signe. devant les noms de tes séquences, qu'il n'y a pas d'espaces inutiles (parfois, ce type de programmes ne les aime pas trop et te sortent un message d'erreur).   [...]