• Forum - ADN, Intérêt, Mesure, Quantité

[Biologie Moléculaire] Différence PCR semi quantitative et quantitative?

Dans les cas de PCR semi-quantitative ou de PCR compétitive, il s'agit de mesurer des quantités relatives grâce à des standards qui correspondent à des ARN ou plus rarement à des ADN. Et si je me souviens bien dans ce cas les standards subissent diverse dilution.  [...] Ainsi tout dépend des incertitudes que nécessite ta manipulation, si tu as besoin d'un résultat très précis et pointu il vaut mieux utiliser la PCR quantitative.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR en temps réel

Déjà, il faut comprendre ce qu'on observe. le paramètre mesuré est un signal dont l'intensité dépend de la quantité d'intercalant intercalé dans l'ADN double brin. Ainsi, la différence de signal entre le début et la fin du run correspond à tout ce qui a été amplifié pendant le run.  [...] Note. le Tm donne une indication de spécificité, mais vous pouvez avoir plusieurs produits différents qui produiraient tous le même pic. Il faut comprendre que pour quantifier une cible ADN, il faut s' assurer qu'on amplifie ce qui nous intéresse et pas n'importe quoi.  [...]

[Biologie Moléculaire] Quantité d'ADN

Je dispose d'un échantillon contenant un extrait d'ADN. Cet échantillon a été dilué au 1/100. Je mesure la DO à 260 nm pour calculer la quantité d'ADN contenue dans l'échantillon.  [...] Ma question est la suivante. dois-je multiplier le résultat par 100 pour trouver la véritable quantité d'ADN.  [...]

[biologie moléculaire] PCR à partir d'ADN génomique

merci pour l'aide.. En fait vu que je suis assez limitée en matériel (ADN extrait d'échantillons de tumeurs humaines) j'étais parti avec 5-10ng lors de mes premiers essais mais sans résultat. Je me disais donc que c'était peut-etre parce que ma quantité d'ADN de départ était insuffisante car visiblement quand il s'agit d'ADN génomique il faut un petit peu plus forcer la dose et j'avais l'intention de réessayer avec 100ng donc piwi tu me confortes dans mon idée.  [...] si tu es limité par la quantité d'ADN, tu peux aussi augmenter la quantité d'amorces et augmenter le nombre de cycles (n= 35 à 40).  [...]

[Génétique] ADN universel ?

Même composition chimique peut être mais quand à la quantité d'informations, elle n'est pas du tout la même. Peut on utiliser l'adn d'un végétal sur un humain, pour ma part, je ne vois pas dans quelle mesure cela serait possible.  [...] Mais qui parle de quantité d'information Et si je te dis que beaucoup de génomes de Plantes sont nettement supérieurs en taille à celui de plein de Mammifères y compris l'Humain Tu en penserais quoi.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ARN

c'est laaaargement suffisant pour descendre les cellules, s'il y en a. Vous devriez faire un comptage pour voir combien vous avez de cellules (ou une mesure de la quantité d'ADN avec une technique très sensible). A mon avis le problème ne vient pas du protocole mais de la pauvreté en matériel.  [...] Avant j'extrayais l'ARN sur tisssus et pour lyser, j'utilisais le phénol -choroforme, quand je suis repassé sur cellules, j'ai testé le phénol-choroforme/kit RNeasy vs kit RNeasy, j'avais + en quantité et l'arn de meilleure qualité, du coup je suis resté avec ce protocole.  [...]

SYBR green et BET (ou la non compréhension de la PCR en temps réel)

Dans la PCR classique, le BET n'est ajouté que lors du gel (directement dans le gel ou via un bain contenant du BET), il s'intercale dans les molecules d'ADN et fluoresce sous UV. Il permet une semi quantification car en général on revele en fin de reaction donc il s'agit d'une quantité finale.  [...] Dans la qPCR, le sybrgreen (ou autre molecules fluorescente selon la méthode) est ajouté directement dans le milieu. dans le cas du Sybrgreen il ne fluoresce que dans l'ADN double brin. Le thermocycleur va donc prendre une mesure de cette fluorescence à la fin de chaque cycle, grace a une courbe d'étaloonage on pourra quantifier la quantité d4ADN initialement présente.  [...]

[Biologie Moléculaire] Comment analyser les résultats de PCR quantitative???

L'intérêt du standard est de pouvoir calculer l'efficacité de la PCR.[ Rappel Q(i+1) = Q(i) x E, avec Q(i) la quantité d'ADN au cycle i, et E l'efficacité d'amplification. On considère souvent, à tort, que E=2, or si l'on compare 2 gènes ayant des efficacité d'amplifications différentes et que l'on prend E=2 pour chaque gène, on induit une erreure, d'autant plus grande que le delta Ct est grand et que la différence entre les efficacités est grande.  [...] Mais bon... Ca ne marche pas. La courbe que j'obtiens n'a aucune forme mathématique particulière. Soit parce que je n'ai pas assez de valeurs (je vais essayer d'en collecter d'autres auprès de ma maître de stage), soit parce que j'ai inclus des valeurs d'expériences ratées, soit parce qu'il n'y a véritablement aucune relation mathématique qui lie la quantité de messager d'intérêt à ma tubuline dans les mêmes situations contrôles.  [...]

Hybridations plasmides et sondes

Je ne pense pas que tu puisses utiliser un phage à la place d'une bacterie pour faire du clonage dans la mesure ou justement, le phage necessite une bacterie pour se developper. Tu peux utiliser des phages pour faires des banques d'ADNg, parce que ces derniers ont la capacité d'integrer une grande quantité d'ADN dans leur capside, ce qui n'est pas le cas des plasmides.  [...] oui j'entendais plus propre dans la mesure ou on ne fait pas tremper les bactérie dans un milieu agressif et qui dégrade les membranes c'est tout. Et il me semble que la quantité intégrable dans un phage est assez restreinte du fait de la taille maximum d'encapsidation.  [...]

NanoDrop vs Qubit : quelles valeurs utiliser?

Dans le cadre de mon stage, je suis amené à réaliser une purification de l'ADN extrait de tissus FFPE. Suite à ma purification, j'ai réalisé une mesure de la concentration en ADN et de la teneur en contaminants au NanoDrop, ainsi qu'une mesure au Qubit afin de déterminer la concentration en ADNdb.  [...] Je ne suis pas sur de comprendre ce qu'ils entendent par DNA yield, ni l'intérêt de donner les valeurs de concentrations fournies par le NanoDrop, alors qu'ils ont réalisé une mesure au Qubit...Je pourrais comprendre que l'on fasse le rapport Qubit/NanoDrop, pour déterminer la proportion d'ADN de bonne qualité, mais ça ne semble pas être le cas.  [...]