• Forum - ADN, échantillon, Rendement

NanoDrop vs Qubit : quelles valeurs utiliser?

Ils y expliquent que la concentration en ADN ainsi que la pureté de l'échantillon ont été mesurées au NanoDrop et que le rendement en ADN a été déterminé au Qubit. Dans les résultats, le rendement est donné en ng et la concentration en ng/ul.  [...] Je ne suis pas sur de comprendre ce qu'ils entendent par DNA yield, ni l'intérêt de donner les valeurs de concentrations fournies par le NanoDrop, alors qu'ils ont réalisé une mesure au Qubit...Je pourrais comprendre que l'on fasse le rapport Qubit/NanoDrop, pour déterminer la proportion d'ADN de bonne qualité, mais ça ne semble pas être le cas.  [...]

calcul d'une quantité d'ADN- PCR

Dans un échantillon de 1 microg d'ADN, on a 1pg de fragment à amplifier. Quelle quantité d'ADN amplifié obtiendra-t-on après 30 cycles de PCR, en admettant un rendement de 10puisssance 6.  [...] Du coup pour obtenir la quantité d'ADN à la fin du protocole d'amplification, il suffirait de multiplier par le rendement. On obtient ainsi 1 µg du fragment choisi amplifié dans le mélange final.  [...]

[Biologie Moléculaire] Calcul de rendement

Bonjour. Voilà en ce moment je réalise des TP de biomoléculaire. On me demande de réaliser un calcul de rendement de purification des fragments obtenus lors d'une digestion. pCR-GAI digéré avec BamH1 et Hind III, 2 sites de restriction pour chaque enzyme.  [...] Sachant que Rendement = (Concentration après purification) / (concentration avant purification), il me manque donc la concentration avant. On connait la concentration d'ADN (donc celle du plasmide) présente initialement. Cependant, pour connaitre celle des fragments présents (donc l'extrémté 5', après digestion) j'essaye cette formule. (Concentration ADN * (784/5484)). Donc.  [...]

[Biologie Moléculaire] Précipitation d'ADN linéaire

J'ai effectué une précipitation d'ADN linéaire et malgré mon application, mon rendement était de seulement 38%. Je voudrais simplement avoir des raisons plausibles qui pourraient expliquer un mauvais rendement, autre que des erreurs de manipulation basiques.  [...] Je manque un peu de détails pour faire un diagnostic mais en général les problèmes de rendement d'un précipitation d'ADN sont dus à deux facteurs.  [...]

Besoin d'avis pour optimiser extraction d'ADN à partir de tissu FFPE en vue d'une CGH

Je propose donc de réaliser le protocole de base, ainsi que celui-ci, mais en faisant varier 3 paramètres (j'ai le droit de faire 4 analyses). Tout ceci à partir d'un même échantillon bien sur. Que me conseilleriez vous de faire varier Le temps d'incubation de la protéinase, afin (dans le cas ou mon protocole fonctionnerait) de déterminer si un temps plus court peut suffir.  [...] ps. me confirmez vous que le Nanodrop me permet d'identifier la présence de contaminants et la concentration d'ADN, mais pas sa qualité Raison pour laquelle j'ai besoin du Qubit...en gros, il faudrait peut être que je réalise mon protocole à partir d'une plus grande quantité d'échantillon, afin d'obtenir plus d'ADN de bonne qualité, pour que le marquage en random-priming fonctionne.  [...]

Extraction d'ADN bactéries lactiques

Je cherche un bon protocole d'extraction de l'ADN total des bactéries lactiques. je voudrais savoir aussi par quelle technique obtient-on un bon rendement et une bonne qualité d'ADN.  [...] l'ancien protocole (lyse enzymatique) me semble très long, mais est il efficace ou l'utilisation des kits est meilleure.   [...]

[Biologie Moléculaire] Peux t-on remplacer l'ADN de sperme de saumon par l'ADN d'une autre espèce ?

- je veux faire un Northern pour détecter des transcrit provenant de cellules de poisson. Est-ce que je peux utiliser du salmon sperm DNA sachant que le transcrit en question est exprimé chez le saumon Y a t il une autre source d'ADN pour saturer mes membranes.  [...] Je me disais que plus long est le génome, plus polyvalent est l'ADN. En effet, il contient davantage de séquences en statistiques et donc va saturer les sites non spécifiques de façon plus complète (notamment si tu travailles sur un génome eucaryote long).  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR avec augmentation de la T°C d'hybridation?

ca c'est pas bon, ca veux dire que ton amorce a 56 ne s'hybride pas suffisement sur ton site specifique pour avoir un rendement convenable, et que ton site non spe lui est tres tres bon.  [...] Je lui demanderai tout à l'heure quand il viendra. Je sais qu'on utilise un ladder où la bande à 1,6 kb contient 66 ng d'ADN pour 10 ul déposés. Du coup, ça te permet d'estimer la quantité de ce que tu as dans la bande et de là, le rendement après purif.  [...]

[Biologie Moléculaire] Informations gènes menagers HPRT pour QPCR

cytoplasmique intervenant dans la synthèse des purines (Gènes moyennement exprimés dans le modèle murin. estimés entre100- 1000 molécules par cellule ). Ma question est-ce normal que mon gène de réf (HPRT) sort en Ct à 28. Après j'ai voulu tester une HPRT venant d'une autre équipe de recherche est là elle sort entre 25 et 26.   [...] Alors mon rendement en adn était en moyenne entre 3000 et 5000 ng/ul (25 échantillons). j'ai réalisé plusieurs dilution. une pour arriver à 1000 ng/ul de concentration et ensuite une pour arriver à 100 ng/ul et la derniere avec le mix 8 ul de mix et 2 ul dadn) pour arriver à 20 ng/puits.  [...]

[Biologie Moléculaire] ADN ARN extraction

Merci pour la réponse. On m'a dit qu'il y avait une histoire d'histones qui seraient plus ou moins attachées en fonction du pH, ce qui permettrai de rendre soluble ou non l'ADN en phase aqueuse car la présence d'histones favoriserait la solubilité en phase organique.  [...] Attention. pour faire des extractions d'ARN, il faut un phenol acide, et pour l'ADN un phénol tamponné. Si tu prends un phenol acide pour une extraction d'ADN, tu as un rendement très bas, car l'ADN reste dans le phenol et non dans la phase aqueuse.  [...]