• Forum - ADN, Champignon, échantillons

[Biologie Moléculaire] problème de qPCR sur des échantillons de maïs

je cherche à mettre au point une méthode de quantification en Evagreen d'un champignon dans des échantillons de maïs cultivés en serre, et tout a bien marché (dessin d'amorces spécifiques, quantification d'ADN du champignon pur...) mais dès que j'ai voulu passer les échantillons de maïs, j'ai obtenu des résultats non répétables, avec des pics de fluorescence qui ne correspondent pas au champignon et surtout qui changent d'un jour à l'autre.  [...] Etant donné que lorsque l'on mélange de l'ADN du champignon pur et de l'ADN de maïs pur on n'a aucun problème, j'ai pensé qu'il y avait des composés dans mes échantillons qui inhibaient la qPCR, mais j'ai testé plein de méthodes d'extraction et de purification et rien n'y fait.  [...]

[Biologie Moléculaire] Interprétation PCRq en temps réel (SYBER Green)

A partir du moment ou la spécificité de ton amplification d'ADN champignon est avéré, il me semble que tu peux en conclure que ton échantillon est positif pour ce champignon. même en faible quantité, ce dernier est présent et se multiplira de toute façon.  [...] D'une part, avec la quantité d'ADN du champignon, tu calcule le nombre de génome de champignon que tu as dans ton échantillon (masse d'ADN contaminant/masse du génome du champignon). Tu obtiens n1.  [...]

Qu'est ce qu'une mycorize ?

-Matériellement parlant, qu'on parle du manteau des exo, ou de l'arbuscule chez plusieurs endo, le tissu impliqué dans les échanges entre la plante et le champignon est du tissu mycélien. Le support matériel à la symbiose est mycélien.  [...] Que le champignon constitue la matérialité () de la mycorhize serait juste si c'était lui qui faisait tout le boulot sans rien recevoir en échange. Or il y a des échanges permanents.  [...]

[Biologie Moléculaire] Comparaison de plaque qPCR

Alors j'ai 6 plaques de qPCR, 2 par espèce recherchée (protozoaire, bactérie ou champignon), sur chacune se trouve 3 échantillons de références toujours placés au même endroit et issus des même aliquots.  [...] Mes échantillons de références subissent eux aussi le traitement PCR, ils sont là pour valider le fait qu'entre 2 plaques il se passe la même chose. Je ne suis pas dans le calcul direct de mes CT/nb de copie, j'essaie de mettre au même niveau mes plaques, parce que je ne peux pas travailler exactement de la même manière entre deux plaques, donc je dois corriger mes valeurs. Ma question c'est comment puis-je faire ça.  [...]

[Biologie Moléculaire] Différences entre les types de Taq ?

Quelle est la différence entre les types de Taq (qo tag, biotools, bioline...). Donnent t-elles les mêmes résultats si non quelle est la bonne pour faire une commande, sachant quelle est destinée pour une PCR d'un ADN de dermatophyte (champignon filamenteux).  [...] Si tu génotype des champignons, la qualité de la taq est peu importante vu que tu cherches à savoir si un gène est exprimé ou non.  [...]

paroi (plante)

La formation de la paroi commence à la fin de la mitose pendant la télophase. A l'inverse de la cellule animal où se forme un anneau contractile, on a des vésicules golgiens qui contient des composants de la paroi qui vont être transporté jusqu'à la zone médiane ( = au centre ).   [...] Cette zone médiane est riche en microtubule servant par exemple à la migration de l'ADN. on appelle cette zone le phragmoplaste. Le dépôt est centripète ( périphérie vers centre ) chez les algues et les champignon et le dépôt est centrifuge pour les plantes ( centre vers la périphérie ).  [...]

[Génétique] Ogm

- sur l'exemple ecologique c'est vrai mais je pense que ce n'est pas le plus important. Le colza OGM quant à lui peut etre resistant au Roundup et le souci c'est que le colza est cultivé en champs et que les adventices de cette culture sont tres proches du colza (meme famille).   [...] Non ca c'est de la science fiction... tu prends un fragment d'adn et tu le mets dans le lapin, l'homme, la souris, la baleine, l'elephant, la grenouille, la bacterie, la levure, un champignon etc... et ca te donnera TOUJOURS la meme protéine. et en plus il n'y a rien de magique la dedans on sait tres exactement pourquoi c'est le cas.  [...]

Mode d'action d'une toxine fongique, incompréhension

Je ne comprends pas pourquoi on dit que la toxine HC d'un champignon inhibe l'expression de gènes de défenses d'une plante hôte, lors d'une infection de la plante par ce parasite. En effet on dit que la toxine HC inhibe une histone déacétylase, or justement quand l'histone déacétylase fonctionne elle restaure les charges positives des histones des nucléosomes en enlevant le groupe acétyle, donc l' ADN se recompacte (hétérochromatine) et la transcription ne  [...] que l'activation de la transcription (en empêchant la déacétylation à un endroit précis du génome) peut activer l'expression de gènes inhibiteurs soit de la prolifération cellulaire comme tu dis (p53 sans doute, même chez les plantes ) soit de gènes inhibiteurs d'autres gènes activateurs de la défense végétale (ça devient compliqué là), ce dernier cas est aussi possible j'imagine non Et puis secondairement à l'inhibition de la prolifération cellulaire, j'imagine que la baisse des défenses végétales qui en résulte est directement imputable au fait que la défense végétale dépend en grande partie de la qualité qu'ont les cellules à se multiplier pour mieux réagir (au cas où il s'agit de ton hypothèse qui se déroule en vrai, d'ailleurs les deux peuvent se dérouler aussi et pas une seule des deux).   [...]

[Evolution] [classification] Des champignons...

La question est surtout celle de la reproduction du lichen. Qu'appellerais-tu un enfant d'un lichen donné A Le spore fongique libéré par A, qui germe et capture des algues Ou les lichens ayant capturé des algues descendant de celles du lichen A Sachant qu'elles sont prisonnières, qu'elles ont peu de chance de libérer des descendantes dans la nature, et que, s'il y a des descendantes libres, elles ont peu de chance d'être capturées par un lichen, et si elles le sont cela peut être par un champignon d'une espèce différente de celle de A.  [...] Les lichens sont des organismes chimériques (SELOSSE, 2000) formés par l'association d'un champignon et d'une algue ou d'une cyanobactérie. Cette symbiose les rend bien adaptés aux conditions climatiques difficiles, en particulier à celles des climats arctiques (OHENOJA, 1971.  [...]

question de maladies...

un champignon qui s'attaque aux tissus organique, qui se nourri d'une substence rémante ( genre le fer) et nécrose et change le métabolisme de l'hémoglobine ( ce qui serait logique si elle se nourri de fer...).  [...] Tu peux aussi dire que les gens ne se déplacent plus que sous terre (transports en commun) où il fait toujours chaud ou en voiture avec le chauffage. Comme ça ton champignon est toujours à une température élevée.  [...]