• Forum - ADN, Bactéries, Amplification

cellules competentes

est ce que quelque un aurait des informations sur les cellules beta compétente de e coli.   [...] On dit que des bactéries sont compétentes lorsqu'elles présentent des trous dans leur membrane qui leur permet d'intégrer de l'ADN exogène. Ces bactéries sont notamment utilisées dans le contexte de transformation bactérienne, c'est-à-dire de l'introduction d'ADN (souvent sous la forme de plasmide), pour l'amplification de ce plasmide.  [...]

aide pour un protocole (PCR, DGGE...)

Pr des precisions. fo juste que je trouve des bacteries qui exploitent le black carbone et je ferai de l extraction d adn, pcr amplification, DGGE.  [...] Le milieu a donc été modifié chimiquement et tu analyse ces modifications. Quand aux bactéries il est important de démontrer qu'elles sont impliquées dans les modifications chimiques que l'on a observé. Comme ces bactéries ont été caractérisées, on connaît leur profil electrophorétique sur gel dénaturant.  [...]

isolation d'un plasmide

S'assurer que la bactérie ne possède pas de plasmide avant la transformation Et bien en principe, elles ne possèdent pas le plasmide d'intéret (logique). Tout autre plasmide nous est indifférent. Ce que l'on fait en pratique, c'est que l'on verifie après coup que les bactéries que l'on a selectionnées portent bien l'insert d'intéret (digestion de restriction, séquencage).  [...] Les bactéries compétentes utilisées pour la transformation et l'amplification ne possédent pas de plasmides... pour t'en rendre compte, fait, à partir d'une colonie, une culture de bactéries non transformées d'une part et transformées d'autre part... fait ensuite une miniprep d'ADN plasmidique.  [...]

rDNA ou rRNA?

Sinon pour l'extraction, par exemple pour un profiling de bacteries, lorsque tu veux determiner quelles especes sont presentes a tel endroit, en fait tu extrais l'ADN total de tes bacteries, et apres tu fais une PCR (amplification de l'ADN) avec des amorces universelles des 16S des bacteries.  [...] En gros, si tu as une ou 10^9 cellules d'un certain type, tu n'obtiendras qu'un seul profil en amplifiant l'ADN. Par contre en travaillant à partir d'ARN (proportionnel au nombre de cellules en activité) et en combinant celà avec un système de quantification de l'amplification (voir le mot clé.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème d'amplification de gènes bactériens

Dans mes travaux je dois amplifier des genes d'interets du genomes de plusieurs bacteries. Mais je n'arrive pas a amplifier ces genes, des bacteries individuellement. Mais lorsque je met ensemble tous les ADN de mes bacteries j'ai des amplification apres PCR.  [...] Les causes peuvent être nombreuses...Qu'avez-vous essayé de faire pour résoudre ce problème Quelle différence y a-t-il au niveau du protocole entre l'amplification avec un seul type d'ADN bactérien et plusieurs types d'ADN bactériens, hormis la quantité d'espèces d'ADN bactérien différent dans le mélange bien entendu Mettez-vous plus d'ADN dans un cas que dans l'autre.  [...]

[Biologie Moléculaire] Contamination d'ARN par de l'ADN

Les essais ont révélés que la DNase du kit Machery Nagel ne fonctionnait pas assez sur colonne (amplification en PCR du plasmide ajouté pendant l'extraction d'ARN). Dans la notice de cette DNase il est précisé qu'en cas de grosse quantité d'ADN, il faut utiliser la DNase après colonne puis réaliser un clean up.  [...] Je ne pense pas que digérér par DpnI après l'amplification soit utile dans la mesure ou il s'agit d'une RT PCR, possiblement contaminée par de l'ADN génomique, et non de l'amplification d'un ADN venant d'une bactérie. Ceci dit, si tu soupçonnes un problème de DNAse, tu peux prédigérer tes échantillons par une enzyme de restriction (avant de faire la PCR).  [...]

[Biologie Moléculaire] les enzymes

Cette enzyme, une ADN-polymérase d'origine bactérienne a en effet permis l'élaboration d'une technique révolutionnaire d'amplification de l'ADN. La PCR(réaction de polymérisation en chaîne.).  [...] Bon la taq fonctione a de hautes temperatures pendant un certain temp ce qui la rend utile pour un clonage d'adn avec moins d'inconveignants et elle vien d'une bacterie vvant dans des milieu a haute tempeature.  [...]

la taq polymérase????

En 1990 1 enzyme appelée taq-polymérase fut élue molécule de l'année.Cette enzyme, une ADN-polymérase d'origine bactérienne a en effet permis l'élaboration d'une technique révolutionnaire d'amplification de l'ADN. La PCR(réaction de polymérisation en chaîne.).  [...] cette méthode, la PCR est également appelée amplification de fragment d'ADN, car elle permet d'obtenir après plusieurs cycles à température variablement hautes, à cause de dénaturation succééssives, un grand nombre de fragments identiques à celui de départ, ce qui revient au résultat d'un clonage avec moins d'inconvénients.  [...]

[Biologie Moléculaire] Connaissez -vous un outil d'analyse d'affinité d'un primer pour une séquence ?

Bien, (rappelez-vous que ma molécule d'ADN est simple brin) je travaille actuellement à une expérience d'amplification par cercle roulant (rolling-circle amplification, RCA).  [...] Mais j'obtiens bien un produit de RCA (observé contre un controle sans molécule template d'ADN = aucune amplification) avec l'une ou l'autre amorce alors que sans le Forward primer, la réaction n'est pas censée se produire avec le Reverse primer seul.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème lors de la transformation avec DH5a E.coli.

J'ai travaillé sur E.coli DH5a, et je me souviens que si par miracle elle poussait après ligation+transformation, après une amplification, j'avais de très faible quantité d'ADN. Donc la bactérie est peut être aussi pourrite pour ce genre de chose.  [...] pour l'instant je vais refaire la ligation avec des volumes différents. Je pense que les bactéries DH5a E.coli n'est pas la source du problème. Se serai peut être la quantité d'ADN ou d'enzyme lors de la ligation.  [...]