• Forum - Acides aminés, Protéine, Programmes

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

j'aimerais pouvoir avoir la séquence d'acides aminés d'une protéine lequel de ces programmes est ce que j'utilise merci pour votre réponse.  [...] merci pour ta réponse, ensuite je pense que j'utiliserai swissprot pour chercher la séquence d'acides aminés. c'est un bon choix, non merci. bye.  [...]

[Biochimie] Protéine lysine free

Ma question n'a pas eu beaucoup de succès mais j'ai ma réponse. Pour ceux que ça intéresse, il existe des programmes permettant de cribler une banque en excluant un ou plusieurs acides aminés... vive la bioinfo.  [...] Il a y a pas mal de petits peptides de 2 ou3 acides aminés minimum, évidemment, mais aussi des protéines de plus de 300 AA comme p16, des aquaporines, des sous unités de l'ATP synthase, etc.  [...]

[Biologie Cellulaire] questions annales

Ma réponse. je ne sais pas du tout comment le présenter, je sais simplement qu'il faut une complémentarité symétrique pour que lors du repliement les bases soit l'une en face de l'autre, mais quels acides aminés choisir il y en a-t-il qui soit plus a même de former ce genre de structure plutôt que d'autres faut-il inventer une succession d'acides aminés sachant pertinemment qu'il ne sont pas présents dans ce 5'UTR en particulier.  [...] C'est quelque chose de difficile a repérer dans une séquence à l'oeil, mais il existe des programmes qui permettent de prédire les structure II des acides nucléiques.  [...]

[Biologie Moléculaire] Recherche site pour calcul proba d'interaction entre protéines

Le jour où on arrivera à pr édire de manière fiable les interactions entre protéines, en tenant en plus compte des modifications post traductionnelles, une grande partie des chercheurs pourront pointer au chomage.  [...] Je ne sais pas quel était le but de ta recherche, mais si ta protéine n'a pas de domaines vraiement caractérisé, ce genre de programmes n'a que peu d'intérêt.  [...]

Petite énigme à vous soumettre...

Le premier test va donc être un traitement informatique pour supprimer les doublons parmi les 20.000 structures, et sélectionner les molécules susceptibles de se lier à la protéine. Il existe des programmes informatiques permettant ce genre de travail.  [...] La problématique de base ne nous donne que deux éléments. une chimiothèque et une protéine. Effectuer des tests concluants sur un troisième élément (le second messager) fausse la problématique de départ, tu me suis De plus, je me permets une remarque sur ton idée de radiomarquage, qui ne me semble assez chère aussi, et la seconde méthode, avec le second messager, qui, si testée indépendamment avec chaque molécule, sous-entend.  [...]

[Biochimie] Spectrophotomètrie : Les différentes technologies...

Ex. pour l'ADN tu peux déterminer sa concentration en mesurant l'absorbance a 260nm et la contamination par protéines en mesurant à 280.  [...] la longueur d'onde d'émission). Cela permet de quantifier un échantillon capable d'émettre en fluorescence. EX. tu veux quantifier une protéine genre GFP. Tu programmes ton fluo pour qu'il excite a 488nm et tu mesures les photons émis en fluorescence par la GFP a 505nm, proportionnels à la quantité de GFP.  [...]

[Biotechnologie] emboss et alamut

J'ai utilisé quelques soft du package Emboss. On peut y accéder en ligne par exemple sur le site de pasteur, ce qui évite de les installer localement. Les options sont détaillées. Globalement, ces programmes font de l'analyse de séquence. dans 90 % des cas, on copie-colle une sequence ADN/ARN/proteine en fasta et en retour on obtient un fichier texte/html qui contient des infos sur cette séquence (%GC, usage des codons, motifs protéique, bref je vais pas faire la liste.  [...] Cela ne veut pas dire que sa prise en main soit quantité négligeable dans votre temps de travail. D'autres part, ce genre d'outil clef en main a tendance a fidéliser le client grâce a des format propriétaire. Ce sont des commerçant avant tout.   [...]

[Biochimie] NanoDrop

Tu peux lire la DO proteine pareil, il va mesurer 260/280 et 230 ou 330 je sais plus, il a meme des proteines preintegree comme la BSA pour la quantif, sinon tu rentre toi meme ton coef et il te donne la concentration.  [...] donc à priori pas de problème pour doser des protéines à 480nm. Il faut juste paramétrer le soft vu que ça ne doit pas être dans les programmes de dosage classique.  [...]

question sur les programmes de phylogénie

Mon probleme est de trouver un site internet qui me permette de faire toutes ces operations simplement et facilement. je n ai trouve que des sites qui font une partie de ces programmes et generalement je ne peux pas modifier le bootstrap ou l outgroup.  [...] mais le probleme vient peut etre de seqboot car je n utilise pas ce programme... voila dans les grandes lignes les programmes que j utilise et leur enchainement.  [...]

[Biologie Cellulaire] BiOdyssea, nouvelle chaine youtube de vulgarisation de biologie

Je pense au contraire que vous le connaissez (mais simplement occulté car contradictoire au message véhiculé), il y a par exemple DeGrey pour qui les organismes ne sont pas programmés pour survivre, mais qui voit cela commeune maladie, un manque à corriger, ou encore l'exemple de Weismann, qui est d'ailleurs cité dans au moins l'un des articles mentionnés (le Cell).  [...] Mais dans votre phrase, je suis tout a fait d'accord avec la fin Les organismes ne sont pas programmés pour mourir, mais jusque là, rien ne permet d'affirmer, (et cela semble même être plutôt le contraire) que les individus sont programmés pour survivre.  [...]