• Forum - Acides aminés, Interactions, Liaisons

[Biochimie] Formation de liaisons électrostatiques en absence de résidus chargés ?

Bien sûr, les liaisons électrostatiques ne sont pas dues aux charges portées par les acides aminés mais aux interactions atomiques.  [...] Oui il y a des charges locales sur les chaînes latérales des acides aminés, qui rendent possibles des intéractions électrostatiques.  [...]

[Biologie Moléculaire] Biotine - Avidine

.. Sinon, on peut passer par l'utilisation du chlorure de guadinium (pas sûr pour ça) et/ou de l'urée pour dénaturer de manière réversible l'avidine en rompant les liaisons hydrogènes et les interactions hydrophobes.  [...] Tiens-nous au courant quand tu auras trouver la structure spatiale de la liaison, les acides aminés impliqués dans les interactions hydrophobes et ceux dans les liaisons hydrogènes. Pour moi, vue la force de la liaison, j'opterais soit pour la phénylalanine/le tryptophane/la proline comme intervenant dans ces interactions hydrophobes.  [...]

[Biochimie] Est-il possible de réaliser le séquençage des acides aminés impliqués dans des interactions

Je suis en troisieme année de biochimie, j'ai effectué un TP dans lequel il fallait déterminer les fragments d'interaction d'une protéine avec l'héparine apres.  [...] Je voulais savoir si il était possible de séquencer les acides aminés de la protéine qui peuvent interagir avec l'héparine.  [...]

hélice alpha

j'ai une question concernant l'hélice alpha d'une protéine. sur mes cours il y'a écrit que l'hélice se stabilise grâce a des liaison H mais aussi grâce a des interactions hydrophobe entre les chaines latérales des acides aminés, mais comment il peut y'avoir des interactions entre les chaines alors qu'elles sont toujours orientées dans des directions opposées.  [...] L'interaction hydrophobe se fait entre deux acides aminés qui se trouvent l'un au-dessus de l'autre sur la spirale, avec des chaînes latérales dans la même direction.  [...]

[Génétique] Myoglobine

D'accord. En cours de traduction, la protéine se replie instantanément tout d'abord en fonction des interactions hydrophobes qui sont déterminées par les acides aminés... hydrophobes. Viennent ensuite les autre interactions faibles, ioniques, hydrogènes, toujours en fonction de la nature des acides aminés (polaires, chargés,  [...] ..) et/ou des liaisons covalentes de type ponts disulfures (entre deux cystéines). Finalement, c'est bien la séquence en acides aminés qui va conditionner la prise de forme, c'est-à-dire la structure 3D.  [...]

[Divers] Confusion sur les notions "basiques"

J'ai un gros problème que je viens de m'en rendre compte, en effet premièrement aussi triviale que ça peut paraitre à part dire que l'ADN est une molécule je pourrais pas parler plus en détails ou expliquer grossomodo le focntionnement, de même chromosomes, nucleotides, séquence primaire/secondaire, acide aminés mitose et cie il y'a un gros vide concernant ces notions et leurs liens qui est imbriqué dans quoi mais je crois que ces notions sont basique et qu'il est important de les connaitres.  [...] La structure primaire c'est l'enchainement des acides aminés ou des acides nucléiques. La structure secondaire se sont les interactions entre les acides aminés (nucléiques) de la chaine qui entraine un repliement de cette dernière.  [...]

[Biologie Moléculaire] repliement de molécules

Déjà, il faut savoir de quelles molécules tu parles. Tu peux prendre les protéines. il existe des interactions entre les acides aminés qui leur donne des structures particulières (des schémas classiques en hélice et en feuillet (structures II) et des formes plus complexes faisant intervenir les radicaux des acides aminés (structures III et/ou IV)).  [...] Porbablement les intéractions par liaisons faibles (hydrogènes, van der walls, ioniques) ou même liaisons fortes (pont dissulfure) qui donnent les conformations spatiales du type hélices ( ADN. double hélice d'ailleurs), feuillets, ou bien d'autres... Si ce n'est pas cela, je ne voit pas ce que vous appelez repliement.  [...]

[Biologie Cellulaire] pH acide et bactéries

pour ce qui est des acides aminés et des protéines, lorsque le pH varie, les acides aminés vont se trouver différentes charges, lors de pH acides, les protéines vont se protoner et donc perdre leur charges négatives (l'acide aspartique et l'acide glutamique par exemple vont passer de la forme R-COO- à la forme R-COOH aux alentours du pH3) en présence d'un pH basique, l'asparagine et l'arginine vont quant à elles se déprotoner et perdre leur charge positive puisque les groupements R-NH3+ vont passer en R-NH2 or les charges d'une protéines vont etre importantes pour sa conformation, ses interactions, son rôle comme l'activité de certaines enzymes et autres.  [...] Ahhhh ok, c'est déjà beaucoup + clair quant aux effets délétères de l'acidité niveau protéine etc... je comprenais pas pour les acides aminés, maintenant c'est ok merci beaucoup.  [...]

structure du collagène

je me demandais combien le collagène de type I compte d'acides aminés modifiés, et la nature des ces acides aminés ainsi que de leurs modifications, quelqu'un peut-il m'aider.  [...] l'article précise que les molécules de collagène sont liées entre elles par des interactions hydrogène, mais ne parle pas des acides aminés modifiés, à part l'hydroxyproline (j'ai lu l'article en diagonale, j'en ai peut-être ratés certains).  [...]

[Biochimie] Spécificité de substrat , spécificité d'action

Si le substrat et l'enzyme établissent des interactions suffisament importantes, et si le substrat possède la bonne conformation, alors le site actif, généralement de 2-3 acides aminés, pourra jouer son rôle de catalyseur.  [...] Ainsi, certaines enzymes vont être flexibles, ou alors certains substrats auront une structure tridimensionnelle proche ce qui leur permet d'établir des interactions suffisament importantes avec l'enzyme. Un exemple type. vous avez du voir la traduction, qui met en jeu les ARNt.  [...]