• Forum - Acides aminés, Groupements, Charges

protéine: hydrophile ou hydrophobe

-. a pH neutre, les acides aminés verront leurs groupements amines chargés positivement ( NH3+ car ils ont capté un H+ ) ET leurs groupements carboxylique chargés négativement ( COO- car perte d'un H+ ) Ainsi la charge moins + la charge plus fait bien 0 et ta protéine est neutre tout comme la solution.  [...] A pH acide, les groupements amines sont sous forme NH3+ et le groupement acide est dans une certaine proportion (suivant le pH et le pKa du groupement alpha COOH) sous forme COOH ou COO-. A ph très acide, on a alors une charge nette de +1.  [...]

[Biologie Moléculaire] Structures

- La structure primaire, c'est la séquence en acide aminés. En fonction de la nature des groupements ( -R ) des acides aminés présents, des structures secondaires peuvent se former ou non. Certaines séquences favorisent plus facilement telle ou telle structure secondaire du fait de l'encombrement et des charges des groupements des AA qui la forme.  [...] - La structure IVaire, c'est l'assemblagfe de molécules de protéines entre-elles pour former une protéine active. Les gènes codent des chaînes qui se structurent, mais plusieurs chaines sont parfois nécessaire pour constituer une protéine active. on parle de dimère, trimère ou tétramère (= 1, 2 ou 4 protomères assemblés).   [...]

Protéines

1)Pour savoir la charge d'un acide aminé, il faut regarder les groupements latéraux (entre pH2 et 9,5 les fonctions carboxyliques et amines terminales se compensent). Tu pourras trouver ici les valeurs des pka des groupements latéraux déprotonables. On constate que Tyr, Cys, Asp, Glu, His, Lys, Arg peuvent avoir des chaines chargées.  [...] 2) Les groupements latéraux chargés sont très hydrophiles, les acides aminés les plus hydrophobes sont les acides aminés cycliques. tyrosine (non déprotonée), phénylalanine, tryptophane ainsi que ceux aliphatiques (valine, leucine, isoleucine).  [...]

[Biologie Cellulaire] pH acide et bactéries

pour ce qui est des acides aminés et des protéines, lorsque le pH varie, les acides aminés vont se trouver différentes charges, lors de pH acides, les protéines vont se protoner et donc perdre leur charges négatives (l'acide aspartique et l'acide glutamique par exemple vont passer de la forme R-COO- à la forme R-COOH aux alentours du pH3) en présence d'un pH basique, l'asparagine et l'arginine vont quant à elles se déprotoner et perdre leur charge positive puisque les groupements R-NH3+ vont passer en R-NH2 or les charges d'une protéines vont etre importantes pour sa conformation, ses interactions, son rôle comme l'activité de certaines enzymes et autres.  [...] Ahhhh ok, c'est déjà beaucoup + clair quant aux effets délétères de l'acidité niveau protéine etc... je comprenais pas pour les acides aminés, maintenant c'est ok merci beaucoup.  [...]

activité enzymatique : concentration en sels

Cela est du au fait que les sels stabilisent les charges des groupements R des acides aminés. Si notre protéine est alors une enzyme, elle peut utilisée ses charges por faire des liaisons ioniques ou des transferts d'hydrogènes tel que l'ARNase qui part diverses echange de protons entre deux histidines arrive à digéré l'ARN.  [...] Si ces même charges qui permettent des échanges de protons sont stabilisé, par exemple une amine (charge +) stabilisé par un chlorure (charge -) les réactions auront du mal à ce faire si la concentration en sel est faible et si elle augmente cela deviendra impossible.  [...]

acides aminés, classification par radical R?

en fait j'ai trouvé que les acides aminés étaient classés selon plusieurs paramètres, y compris selon la chaîne latérale R, sauf que j'ai trouvé quelques difficultés avec cette classification, car on y trouve les aliphatiques, les cycliques, les aromatiques, et parfois je ne distingue pas les uns des autres, donc pourriez vous m'en donner d'avantage d'informations (avec les caractéristiques de chacun d'eux).  [...] Donc les acides aminés possèdent les propriétés chimiques de leur radical, particulièrement lorsqu'ils formes les protéines puisque les groupements COOH et NH2 sont mobilisés presques entièrement dans les liaisons peptidiques. Ces propriétés pouvant être influencées par l'environnement puisque les charges vont varier selon le pH par exemple.  [...]

Génome mitochondrial

L'adn code principalement des acides aminés qui composent des proteines, comment les autres elements de la cellule (enzymes en particulier) sont-ils reproduits.  [...] Bien sur le repertoire de réactivités chimiques des chaînes latérales d'acides aminés étant limité, certaines enzymes contiennent des éléments non protéiques en sus des chaînes d'acides aminés. groupements hèmes, sulfides, pyridoxal, ions métalliques coordinés.  [...]

[Biochimie] pKr

Les acides aminés ont deux groupements qui se comportent comme des acides ou des bases.  [...] Certains ont des fonctions sur leur chaine latérale qui a aussi des propriétés acido-basiques. Leur pKa est variable et on le note pKr.  [...]

[Biologie Moléculaire] Site actif d'un enzyme.

Le site de liaison est une poche définie par un ensemble d'acides aminés. suivant la nature de ces acides aminés (aa), seuls certains substrats seront capables de ce placer dans cette poche. Imaginons que ton site de liaison soit petit et possède des aa chargés négativement.  [...] L'activité de l'enzyme dépend de la forme et de la taille de la serrure et aussi des acides aminés au fond. Les acides aminés ont des groupements chimiques différents au niveau de leur chaine latérale. C'est la chaine latérale qui différencie les acides aminés en fait.  [...]

[Biologie Moléculaire] Zwitterion

le cas où on a entendu parler de ça est celui des acides aminés. On sait qu'ils ont un groupement amine et un groupement carboxyle de charge différente en plus de la charge des groupements du radical.  [...] le cas dans lequel sa charge est nule, c à d le nombre des groupements chargés positivement est égal au nombre de groupements chargés négativement on dit que sa charge est nulle est qu'il est en mode Zwitterion.  [...]