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[Biologie Moléculaire] Expression de protéines grâce au pGEX. DH5alpha ou BL21?

J'ai une autre question pour ceux qui ont un peu d'expérience. Jusqu'ici j'ai utilisé un clone qui s'avère produire une protéine avec un acide aminé différent par rapport à la séquence de référence MGI. Ma protéine est hyper conservée dans l'évolution et cet acide aminé modifié se trouve au milieu d'un domaine totalement conservé.  [...] Je suis en train d'analyser de nouveaux clones pour avoir la protéine parfaite. Cependant ma question est. est ce que c'est réellement grave quand on diverge d'un acide aminé dans un domaine conservé Est ce que vous utilisez toujours des clones codant pour des protéines parfaites pas Au contraire, avez vous eu des expériences malheureuses à cause d'une mutation.  [...]

[Biologie Cellulaire] orientation dans la membrane d'une proteine transmembranaire

je dois orienter une proteine transmembranaire par rapport a la membrane. au niveau du RE, le peptide signal a été clivé, si je deroule la proteine il y a 3 domaine hydrophobe de 20 acide aminé.  [...] T'as pas plus d'infos Ta protéine est pas glycosylée sur la thréonine dont tu parles Parce que thréonine + RE... ça sent les glycosylations.  [...]

[Biochimie] diagramme de ramachandran

Alors si j'ai bien compris si on calcule les angles de torsion d'une protéine on vérifie la justesse par ce diagramme et si au moins 90% correspondent bien c'est que juste. Si quelqu'un peut confirmer ce serait cool.  [...] Si un acide aminé d'une protéine naturelle a des angles psi et phi dans le domaine du diagramme de R. centré autour de ( +60, +60).  [...]

[Immunologie] Epitope (incompréhension)

Plus sérieusement, en prenant l'exemple d'une protéine antigénique. On ne va pas dire qu'un seul acide aminé est un épitope, c'est trop petit. Un domaine particulier, une partie de cette protéine peut être un épitope, donc plutôt un groupe d'acides aminés.  [...] Et on peut considérer un deuxième épitope. la poignée de l'autre côté. Bon, dans cet exemple les deux épitopes ont la même forme mais bien sûr, en prenant par exemple une protéine antigénique, les épitopes ont a priori une forme tridimensionnelle qui leur est propre, ainsi qu'une certaine composition en acide aminé qui compte aussi (par rapport aux charges, l'hydrosolubilité de tel acide aminé à tel endroit de la prot, etc).  [...]

Demi vie de l'anticoors anti-SPARC et la protéine recombinante SPARC

Demi vie de l'anticoors anti-SPARC et la protéine recombinante SPARC.  [...] J'ai besoin d'étudier l'effet de l'inhibition 0 induction de la protéine SPARC en culture cellulaire, pour cette raison je vais introduire l'anticorps anti-SPARC et la protéine recombinant SPARC dans le milieu de différenciation, S'il vous plait avez vous une idée sur la demi vie de la protéine SPARC en culture cellulaire, tous ce que je savais que d'après la règle du N-terminal (Alexander Varshavsky, 1996) cette protéine qui a un domaine acide en N-Terminal peut étre aura une demi vie de 2 à 30 min ( en fonction de l'acide aminé qui se trouve à cette position).  [...]

Questions de biochimie

Pour compléter Dalmia, les glycines et alanines ne sont pas des simples briques elles ont un rôle de mobilité dans la chaine d'acides aminés. Elles permettent des courbures et des boucles (là où un acide aminé avec un groupement plus volumineux ne pourrait pas se plier à cause de l'encombrement).  [...] Déduire un domaine transmembranaire d'une séquence primaire est assez difficile, la seule chose possible à l'heure actuelle est via un alignement de séquence des structures primaires entre ta protéine inconnue et une protéine connue et cristallisée dont on a défini un domaine transmembranaire.  [...]

chromatographie échangeuse d'ions

Chaque fonction amine n'a pas la même basicité (pas le même pK). La neutralisation de chaque acide aminé (ou de chaque protéine) se fait successivement. Le pH de charge nulle est obtenuest obtenu quand l'acide aminé est sous sa forme normale (doublement chargée) à l'équilibre entre sa forme acide et sa forme basique.  [...] C'est, en gros, la moyenne des pK. Ainsi chaque acide aminé va prendre une charge nullle au dela du pK de sa fonction amine. Dans ce cas il sort de la résine. En augmentant graduellement le pH, on peut ains sortir successivement chaque protéine.  [...]

[Biochimie] Conséquence de changement d'acide aminé.

Imagine que le premier rapprochement ne s'effectue pas car l'acide aminé chargé a disparu...le second aura plus difficile de se produire et les suivants encore plus. Du coup d'autres repliements vont survenir mais il conduiront à une protéine ayant une forme différente.  [...] Une forme différente entraine souvent une perte d'activité et une dégradation de la protéine. Si cette protéine est importante pour la cellule, la cellule va dépérir... Donc oui un seul acide aminé modifié peut causer une maladie par une suite de conséquences.  [...]

ADN et protéines

3. La mutation de l'ADN se passe sur un codon d'un acide aminé du site actif de la protéine. Beaucoup de protéines ont une fonction enzymatique qui leur permet de catalyser une réaction chimique. Cette réaction se fait lorsqu'un substrat spécifique entre en contact avec une poche de la protéine appelée site actif.  [...] Il doit aussi exister des cas plus compliqués où un acide aminé serait un site d'une modification post-traductionnelle nécessaire au fonctionnement de la protéine (glycosylation), mais on rentre dans des détails plus compliqués.  [...]

[Biochimie] Ordre de grandeur

Cela nous donne bien 400*0,11=44 KDa (=7,3063*10^-23Kg), soit, en moyenne = tous polypeptides(protéines) contenant moins de 400 acides aminés sont susceptibles de passer dans le noyau par simple diffusion.  [...] Sachant qu'a partir de 100 acides aminés le polypeptide est considéré comme une protéine, j'ai l'impression que de nombreuses protéines peuvent circuler sans avoir recours à un quelconque facteur protéique.  [...]