• Dossiers - Séquence, Consensus, Auto

Perspectives | Dossier

Les résultats décrits résultent d'analyses bioinformatiques et de ce fait reposent en partie sur des données virtuelles. Cependant la confrontation avec les données moléculaires sur PR1 semblent confirmer l'importance du facteur de transcription NPR1 dans la reconnaissance de la séquence consensus ainsi définie et par la même démontrer son auto-activation.  [...] Mais cette auto activation nécessite une série d'expériences qui doit consister à introduire le promo-teur de NPR1, associé à un gène rapporteur, dans une cellule végétale ou de levure, puis mettre cette dernière en contact avec NPR1. Si l'expérience se révèle positive, alors le consensus définit par l'analyse bioinformatique correspond effectivement à une réalité biologique.  [...]

Généralités sur la protéine Kinase C | Dossier

Sur cette région C1 vient se greffer une séquence pseudosubstrat composée d'une vingtaine d'acides aminés, qui permet l'autoinhibition de la [protéine kinase C ] lorsqu'elle est sous sa forme inactive (fig. 3 et 4). L'enchaînement des acides aminés composant cette région ressemble à une séquence consensus susceptible de subir une phosphorylation par de la [PKC ], mais la sérine ou la thréonine est remplacée par une alanine.  [...] Le domaine catalytique a une structure présentant de fortes homologies d'une isoforme à l'autre, voire avec d'autres kinases. La principale différence se situe au niveau de la reconnaissance de la séquence consensus à phosphoryler se trouvant sur le domaine C4.  [...]

Logiciel et méthodologie | Dossier

L'analyse matricielle consensus donne toujours un résultat que l'on peut considérer comme réel si et seulement si sa signification est nettement supérieure à 0. Cette analyse utilise une méthode repo-sant uniquement sur les mathématiques. Le fait de se détacher de l'organisme permet de définir une séquence consensus indépendante, réduisant la portée des oligonucléotides similaires.  [...] L'analyse matricielle par chaîne de Markov est la base de Motif Sampler. Cette analyse mathé-matique calcule les scores entre 2 mononucléotides, de ce fait plus une séquence a d'occurrence plus le score attribué sera élevé. L'association de ce score avec le logarithme de la probabilité d'association détermine la séquence consensus mathématiquement la plus probable (Thijs et al., 2001).  [...]

Analyse chez Arabidopsis thaliana | Dossier

Une séquence consensus est par définition l'alignement optimal de séquences similaires plus ou moins répétées dans une portion de génome. Or les séquences révélées dans le tableau 2 sont rela-tivement similaires. De ce fait oligo-analysis propose de les assembler afin de déterminer un consensus (tableau 3) ATGCTGCAA et son complémentaire TTGCAGCAT.  [...] La suite de programme RSA tools aboutit à la définition d'une séquence consensus sur l'ensemble des promoteurs considérés. Classé par ordre d'occurrences significatives pour Oligo-analysis, la plus élevée, 4,1, se retrouve dans toutes les séquences et correspond à TGCAGC GCAGC TTGAC TGACG.  [...]

Recherche et analyse des promoteurs des gènes de la Réponse Systémique Acquise | Dossier

La connaissance du génome complet d'Ara-bidopsis thaliana permet de connaître les séquences promotrices exactes des gènes RSA connus dans la littérature scientifique. Les programmes RSA-tools et Motif Sampler ont déterminé par ana-lyses informatiques depuis ces séquences un consensus d'activation.  [...] Le consensus déterminé, il fut possible de rechercher cette séquence précise dans l'ensemble des promoteurs du génome d'A. thaliana et ainsi d'obtenir la liste des gènes pouvant potentiellement appartenir à la RSA notamment ceux dont la fonction est inconnue.  [...]

Recherche du consensus dans le génome complet d'A. thaliana | Dossier

Connaissant maintenant la séquence consensus probable des promoteurs des gènes de la RSA, DNA-pattern search peut faire la démarche inverse qui consiste à rechercher les promoteurs qui ont plus d'une occurrence de cette boîte et qui sont présents dans le génome complet d'A. thaliana.  [...] Le résultat de l'analyse montre l'existence de cette boîte consensus dans de nombreux promoteurs (fi-gure 6). Or la grande majorité correspond à des gènes codant des protéines inconnues ou des fac-teurs de transcription (tableau 6).  [...]

Les différents traitements du tabagisme | Dossier

Toutes utilisent une prise en charge individualisée avec l'association de plusieurs techniques pour s'adapter aux besoins de chacun et agir sur les différents composants du tabac. Certaines de ces techniques ont fait le consensus autour d'elles lors de conférences sur l'arrêt du tabac.  [...] Dans la mesure où des facteurs cognitifs et émotionnels peuvent contribuer à la maintenance de la consommation tabagique ou à la rechute, les TCC ont pour but d'installer un nouvel apprentissage excluant la consommation de tabac (24). Elles agissent au niveau comportemental, cognitif et émotionnel et multiplient par deux le taux d'abstinence à six mois (24).   [...]

Annexe ? Positions des hexanucléotides chez A. thaliana via l'analyse par oligo-analysis | Dossier

Annexe Positions des hexanucléotides chez A. thaliana via l'analyse par consensus.  [...]

Réglementation nationale et internationale sur les OGM | Dossier

Au-delà de ces éléments de consensus déjà existants en matière d'évaluation du risque environnemental des organismes génétiquement modifiés (OGM), il convient de mettre l'accent sur les quatre points suivants.  [...] En conséquence, les travaux très actifs préparatoires à la mise en oeuvre opérationnelle rapide et complète du protocole de biosécurité, dès son entrée en vigueur, et qui ont débuté à Montpellier en décembre 2000, font appel aux contributions de tous les pays et doivent rester le forum international de référence pour les questions de sécurité environnementale des OGM.  [...]

Situation géographique du virus, et propagation du virus | Dossier

Certains pourraient être tentés de penser que l'apparition du virus aviaire au Nigeria serait liée aux oiseaux migrateurs. D'une part, les foyers du virus de la grippe aviaire H5N1, dans ce pays, concernent, à ce jour, uniquement des élevages et d'autre part, il semblerait, selon les autorités nigériennes que l'origine de ces foyers pourrait être liée aux négoces de volailles provenant de Chine.  [...] C'est une affirmation qui ne fait pas l'objet d'un consensus. Ces organisations affirment également que les échanges commerciaux et tout les mouvements qu'ils induisent mais également que les trafics illégaux d'animaux contribuent de façon significative à la propagation de la maladie.  [...]