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Séquençage de l'ADN : bien plus vite et bien moins cher

Deux études proposent des méthodes globalement assez similaires pour réaliser un séquençage de l'ADN abordable et bien plus rapide. Le principe. faire passer un simple brin de la molécule dans un trou minuscule et détecter la signature électronique au passage de chacun des nucléotides.  [...] Cela ne constitue plus vraiment un obstacle depuis les années 1970, grâce au séquençage de l'ADN, une technique qui permet de constater l'ordre des bases azotées formant la molécule clé des noyaux cellulaires. Les méthodes ont progressé au fil des décennies, avec des machines à séquencer automatisées, mais cela reste encore coûteux et demande des délais assez longs.  [...]

Hépatite B : le plus vieux virus jamais séquencé

Pour reconstituer les génomes des virus, Eske Willerslev et ses collègues ont un peu fouillé les poubelles, plaisante le chercheur. Ils ont en effet analysé les séquences qui avaient été éliminées parce qu'elles n'appartenaient pas au génome humain. C'est à partir de ces morceaux que l'on peut reconstruire les génomes des virus, un peu comme un puzzle, résume Eske Willerslev, cité par The Atlantic.  [...] De plus, si les chercheurs se sont spécifiquement intéressés à ce virus, c'est parce que son matériel génétique est composé d' ADN et non d' ARN (comme ceux d'Ebola, de la rougeole ou de la grippe par exemple), ce qui rend donc possible son séquençage avec des méthodes classiques.  [...]

De l'ADN en code-barres

Image d'une molécule d'ADN en code-barres. les zones sombres correspondent à des séquences riches en AT, et les zones claires à celles riches en GC. Université de Lund / PNAS.  [...] Depuis la découverte de l'ADN, les méthodes d'identification des séquences sont passées de l'artisanat, avec le séquençage de seulement quelques centaines de nucléotides par jour (méthode de Maxam-Gilbert), à des méthodes industrielles automatiques où les machines peuvent traiter 600 millions de paires de bases (pyroséquençage 454).  [...]

Un Truman Show pour de vrai... à l'échelle microscopique

Le séquençage complet de l'ADN humain, en avril 2003, a lancé la voie vers de nouvelles méthodes de soin. Grâce à la médecine génomique personnalisée, encore balbutiante, des chercheurs espèrent prévenir l'apparition de certaines maladies et mieux comprendre les mécanismes moléculaires entrant en jeu pour apporter des réponses thérapeutiques plus ciblées. Wellcome Images, Flickr, cc by nc nd 2.0.  [...] Lors du premier prélèvement, il était atteint d'un rhume. L'occasion de regarder comment un rhinovirus modifie la réponse du corps humain. Le séquençage de son ADN révèle chez lui des prédispositions au diabète. Face à l'absence d'antécédents familiaux et sa silhouette ne laissant présager d'aucun surpoids, le chercheur ne prend pas la nouvelle avec beaucoup d'inquiétude mais décide de se focaliser sur les marqueurs du diabète, comme l' insuline et les voies métaboliques du glucose.  [...]

Premier séquençage de l'ADN dans l'espace à bord de l'ISS

MinION est un outil de séquençage développé par l'entreprise Oxford Nanopore Technologies et disponible dans le commerce. Ce séquenceur portable a permis de réaliser le premier séquençage d'ADN réalisé dans l'espace. Le principe de cet appareil consiste à envoyer un courant ionique positif à travers de minuscules pores percés dans des membranes.  [...] Une autre application vient aussi à l'esprit. le séquençage des formes de vie extraterrestre, sous réserve qu'elles possèdent un ADN.  [...]

Le séquençage de l'ADN pour les nuls !

Alors que la méthode de Maxam et Gilbert (la première réalisée) consistait à utiliser les propriétés chimiques des nucléotides, la méthode de Sanger, qui repose sur la biologie moléculaire, est désormais la plus utilisée. Bien que le séquençage ait beaucoup évolué et soit désormais automatisé, il repose généralement sur l'utilisation de composants biologiques qui existent naturellement dans les cellules.  [...] Le remplacement du marquage radioactif par des fluorochromes aujourd'hui couramment utilisés, permet de réaliser les quatre réactions dans le même tube. La méthode est limitée au séquençage d'un millier de nucléotides consécutifs, à cause de la faible processivité de l'ADN polymérase qui se détache au cours de la synthèse.  [...]

Avons-nous dans nos cellules des gènes de Néandertaliens ?

Pour tenter de lever le voile sur cette énigme, grâce au progrès en matière de séquençage d' ADN, des chercheurs ont entrepris de comparer le génome des deux types d' hominidés. En 2006, un article publié dans Science par un groupe de biologistes du Lawrence Berkeley National Laboratory ( Berkeley Lab ) et du Joint Genome Institute (JGI) annonçait, en se basant sur l'étude de 65.  [...] 000 paires de base de l'ADN nucléaire de Homo neanderthalensis, que ce dernier possédait au moins 99,5 % du génome de Homo sapiens sapiens. Toutefois, aucun indice d'un croisement n'avait émergé du séquençage de cet ADN.  [...]

Maladies nosocomiales : séquencer le génome bactérien pour les contrer

le séquençage du génome des bactéries. Autrement dit, l'analyse détaillée de leur ADN. Ils ont testé grandeur nature leur stratégie. Les résultats parus dans Science Translational Medicine semblent prometteurs.  [...] Le séquençage de l'ADN bactérien nécessite moins de temps que pour l'ADN d'un eucaryote car il est beaucoup plus court. Il se compose par exemple de 6 millions de paires de bases pour Klebsiella pneumoniae tandis qu'il est de 3,2 milliards pour l'être humain.  [...]

L'ADN du mammouth laineux séquencé aux trois quarts

Après rinçage des poils à l'eau de Javel (pour détruire les traces d'ADN étrangers en surface), l'échantillon a été soumis à une méthode récente et très efficace de séquençage automatique, connue sous le nom de 454, mise au point par la société Roche. Grâce à elle, 3,3 milliards de paires de bases ont été déchiffrées.  [...] Ces résultats confortent aussi l'intérêt du pelage comme source potentielle d'ADN et soulignent la rapidité des progrès en matière de séquençage. Alors qu'une armada de biologistes et des moyens lourds ont été nécessaires pour séquencer le génome humain et ses trois milliards de paires de bases entre le début des années 1990 et 2001, le même travail sur le génome du mammouth a été réalisé en très peu de temps par une équipe modeste et un petit budget.  [...]

Des chercheurs inventent un microscope qui marche à l'ADN

Il faut alors recourir à des techniques additionnelles de séquençage ADN qui, elles, ne prennent pas en compte la disposition de cellules.  [...] Si deux molécules sont à proximité l'une de l'autre, elles vont alors se lier et engendrer une étiquette unique qui signe leur rencontre. Il est ainsi possible de déterminer la position relative de chaque cellule. Ces étiquettes uniques sont ensuite comptabilisées grâce à un séquençage ADN et l'image est reconstruite via un algorithme informatique.  [...]